WinmostarでのJmolの利用

Jmol は、Javaで作成された分子の3次元構造を表示するためのソフトウェアです。

Jmolは、sourceforgeのJmol　のページから入手することができます。

• Jmol downloadsのページで、Jmol Packageをダウンロードします。
• 圧縮されているパッケージを解凍します。Web上で使用するJava Applet版とローカルPCで使用できるスタンドアローン版の両方が含まれています。
• Winmostarではスタンドアローン版を利用します。jmol-xx.x.xという名前のフォルダの中のJmol.jarとjmol.batという２つのファイルをPCのハードディスクの適当な場所にコピーします。　（例　C:\Program Files\Jmol\）　Winmostar以外からも利用する場合は、jmol.batのショートカットを作成しておくと便利です。

Winmostarのメニューの「その他」−「パスの設定」−「Jmol」を選び、jmol.batの場所を指定します。

Winmostarからは自動的に呼び出されます。

Winmostarと関係なく起動したい場合は、jmol.bat　（またはそのショートカット）をダブルクリックします。

Winmostarの分子軌道の表示ウィンドウ （MO Plot） で、Jmol ボタンをクリックします。
分子軌道表示用のJmolスクリプトが表示されます。

Jmol start ボタンをクリックします。
コマンドプロンプトが起動し、Jmolのウィンドウが表示されます。ウィンドウの大きさは自由に変更することができます。

メニューの「File」−「Script」を選ぶと、Jmolのスクリプトを入力するためのコンソール・ウィンドウが表示されます。
どの分子軌道を表示するかや表示の仕方などをスクリプトで指定することができます。

スクリプトを入力し、Enterキーを押すかRun ボタンをクリックします。上の図のスクリプトを実行した結果を示します。

Jmolのスクリプトについては、Jmolに関する情報のページを参照してください。