Jmol スタンドアローン版の操作について
Jmolの起動 ｜ マウスの機能 ｜ 分子モデルの表示 ｜ モデルの種類の変更 ｜ 距離と角度の表示
Slab機能（断面の表示） ｜ 分子軌道の表示 ｜ その他の情報の所在
Jmolの起動
jmol.bat （またはそのショートカット）をダブルクリックします。
コマンドプロンプトが起動し、Jmolのウィンドウが表示されます。ウィンドウの大きさは自由に変更することができます。
■ マウスの機能
Jmol では、 1 ボタン(例 Mac)、2 ボタン (例 Windows)、
3 ボタン (例 Linux)及びホイールマウスが利用できます。
中央ボタンによる操作については、「Jmol Applet の操作について」の説明を参照してください。
| 機 能 | 左（主）ボタン | 右ボタン |
|---|---|---|
| Jmol メニューの表示 | 右下のJmol のロゴをクリック または Ctrl +クリック |
クリック |
| X,Y軸の回りの回転 | クリック & ドラッグ | |
| X,Y方向の移動 | Shift+ダブルクリックした後、そのままドラッグ | Ctrl+ クリックした後、そのままドラッグ |
| Z軸の回りの回転 | Shift+クリックした後、 水平方向に ドラッグ |
Shift+クリックした後、水平方向に ドラッグ （Macでは利用できない） |
| 拡大・縮小 | Shift+クリックした後、 垂直方向に ドラッグ または ホイールを回転 |
|
| リセット | 分子の上以外で、Shift+ダブル クリック |
Jmolによる分子モデルの表示
メニューの「File」−「Open」を選び、ファイルを指定します。（ 例 acetoaldehyde.pdb ）
■ 分子モデルの種類の変更
Jmol メニューから、Style - Scheme を選び、"CPK Spacefill", "Ball and Stick","Sticks","Wireframe","Cartoon","Trace"のうちのいずれかを指定します。
タンパク質などの場合は、Style - Structures を選び、"Off","Backbone", "Cartoon","Cartoon Rockets","Ribbons","Rockets","Strand","Trace"のうちのいずれかを指定することができます。
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フェノールのCPKモデルをPOV-Rayで出力した画像 |
タンパク質のCartoon表示 |
■ 距離と角度の測定
ツールバーの定規（View Measurement Table）ボタンをクリックして表を表示させると、測定結果が記入されていきます。
測定結果を残さずに値を表示させる場合
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2 原子間の距離 :
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最初の原子をダブルクリックします。
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目的原子の上にマウスカーソルを移動させます。
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3 原子間の角度 (結合角)
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最初の原子をダブルクリックします。
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２番目の原子をクリックします。
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３番目の原子の上にマウスカーソルを移動させます。
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４ 原子間の角度 (二面角) :
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最初の原子をダブルクリックします。
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２番目の原子をクリックします。
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３番目の原子をクリックします。
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4 番目の原子の上にマウスカーソルを移動させます。
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- 測定の途中でキャンセルするには、マウスカーソルをウィンドウの枠外に移動します。
測定結果を残す場合
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2 原子間の距離 :
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最初の原子をダブルクリックします。
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２番目の原子をダブルクリックします。
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3 原子間の角度 (結合角)
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最初の原子をダブルクリックします。
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２番目の 原子をクリックします。
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３番目の 原子をダブルクリックします。
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４ 原子間の角度 (二面角) :
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最初の原子をダブルクリックします。
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２番目の 原子をクリックします。
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３番目の 原子をクリックします。
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4 番目の 原子をダブルクリックします。
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測定値の表示を消すには、メニューの「Display」から「Measurements」を選び、チェックを外してください。
■ Slab（厚切り）機能 − 断面の表示
Script Editorのウインドウを開き、slab on と入力し、Run ボタンをクリックします。
| 機 能 | 左（主）ボタン |
|---|---|
| 前から | Ctrl + Shift キーを押した状態で垂直方向にドラッグする |
| 後から | Ctrl + Shift キーを押した状態でダブルクリックし、そのまま垂直方向にドラッグする |
| Slabを移動する | Alt + Ctrl + Shift キーを押した状態で垂直方向にドラッグする |
Jmolによる分子軌道の表示
ファイルの読み込み
メニューの「File」−「Open」を選び、ファイルを指定します。（ 例 acetoaldehyde.mgf ）
スクリプトの入力
メニューの「File」−「Script」を選ぶと、Jmolのスクリプトを入力するためのコンソール・ウィンドウが表示されます。
どの分子軌道を表示するかや表示の仕方などをスクリプトで指定することができます。
スクリプトを入力し、Enterキーを押すかRun ボタンをクリックします。上の図のスクリプトを実行した結果を示します。
■ その他の情報
コンソール・ウィンドウで利用できるスクリプトに関しては、右記を参照してください : http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/?ver=11.0
日本語による主なスクリプトに関する説明については、右記を参照してください : http://www3.u-toyama.ac.jp/kihara/soft/jmol/jmolscript.html
Jmolに関する詳しい情報については右記を参照してください : http://jmol.sourceforge.net
