MolViewで構造式を作成し、3次元化する

構造式の作成

カフェインの構造を新規に作成してみます。

  1. 上のツールバーからごみ箱 を選択します。既に表示されている構造式が削除されます
  2. 左のツールバーから５員環 を選択し、ウィンドウ内をクリックします。

５員環

  1. 左のツールバーから６員環 を選択し、５員環の右側の結合をクリックします。
    基本骨格が作成されました。次に、メチル基やC=O結合の元となる結合を追加します。

５員環＋６員環     メチル基やC=O結合となる根元の炭素原子

  1. 左のツールバーから単結合 を選択し、上図の赤丸で囲んだ炭素原子をクリックします。

メチル基やC=O結合の元を追加     二重結合に変換する

  1. 上図の赤四角で囲んだ結合をクリックして二重結合に変換します。次に、一部の元素を変更します。

二重結合に変換     窒素と酸素に置換する

  1. 右のツールバーからNを選択し、上図の青丸で囲んだ炭素をクリックします。Oを選択し、赤丸で囲んだ炭素をクリックします。

窒素と酸素に置換した

  1. 上のツールバーからクリーン を選択します。クリーンナップされ、カフェインの構造式ができました。

カフェインの構造式

3Dモデル化

  1. 上のツールバーから2dto3d-icon.png(1532 byte) を選択します。3Dモデルが表示されます。

カフェインの3Dモデル"

エクスポート

3Dモデルの構造データをMOL形式で保存することができます。

  1. ToolsメニュからMOL fileを選択します。

ToolsメニューからMOLを選択

  1. ファイルを保存するを選択し、OKをクリックします。

ファイル保存ダイアログ

  1. システムの標準の場所に、MolView.molという名前で保存されます。
    Avogadroなどのアプリケーションで読み込んで利用することが可能です。

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