JSmol による分子モデルの表示 (PDB形式データ集) の利用について

1.はじめに

 本データ集の分子構造データは、分子力学ソフトウェア MM 2や MMP2 及び分子軌道法計算プログラム MOPAC によって最適化したものです。それぞれのデータはあるがままで提供され、その正確性を保証するものではありません。教育・研究に利用される場合は充分吟味していただくようお願いします。

 データの利用については制限を設けませんが、データ集全体の転載はご遠慮ください。

2.分子モデルの表示の仕方とJmol ウィンドウでの操作法について

 メニュー画面で、ファイル名 (登録コード) をクリックすると、分子モデルが表示されます。

たとえば、エチレンのデータを表示するには、

a  鎖式化合物 → a1:  炭化水素 →  a1-2-1:  モノオレフィン  とリンクを辿って、エチレンの登録コード a0001.pdb を

クリックします。

Help アイコンをクリックすると、マウスの操作法やJmolに関する情報などが別ウィンドウで表示されます。

ファイルをダウンロードし、Winmostarなどで利用することもできます。

※ ダウンロードしたデータを ab initio計算に利用する場合は、MOPACを利用していったん構造最適化してから利用するのが良いでしょう。


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