例01: PM6法によるホルムアルデヒドの構造最適化

 PM6 EF PRECISE
 Formaldehyde
 Geometry Optimiazation
  O    0.00000  0    0.0000  0    0.0000  0    0    0    0  
  C    1.22732  1    0.0000  0    0.0000  0    1    0    0  
  H    1.11047  1  122.2258  1    0.0000  0    2    1    0  
  H    1.11047  1  122.2258  1  180.0000  1    2    1    3  

１行目はキーワード行です。どのような計算を行わせるかをキーワードにより指定します。

PM6

PM6ハミルトニアンを使用する。（バージョンによってデフォルトが異なるので、明示的に指定すべきです。）

EF

極小点の探索に Eigenvector Followingルーチンを使用する。現在のMOPACでは、通常デフォルトでEF法を使用するので、指定しなくても良い。

PRECISE

収束判定条件を 100 倍厳しくする。（慣れてきたら、GNORM=n.nn と SCFCRT=n.nn あるいは RELSCF=n.nn を使って指定するのが望ましい。）

２行目はタイトル行です。通常は計算対象の分子の名前などを記入します。

３行目はコメント行です。計算に関する情報を記入します。空行でもかまいません

４〜７行目は構造データです。元素記号または原子番号で原子の種類を指定します。分子構造は、内部座標（Zマトリックス）あるいはXYZ座標で定義します。

座標値（内部座標では、結合距離、結合角および二面角）の後の整数は構造最適化のフラッグです。

•  1　　最適化する
•  0　　最適化しない
• -1　　Minimum Energy Pathの変数あるいはエネルギー曲面上の格子点計算の変数とする

この例では、すべての結合距離、結合角および二面角を最適化します。