例02: 対称性を考慮したホルムアルデヒドの構造最適化

 PM6 EF PRECISE SYMMETRY
 Formaldehyde

  O    0.00000  0    0.0000  0    0.0000  0    0    0    0  
  C    1.22732  1    0.0000  0    0.0000  0    1    0    0  
  H    1.11047  1  122.2258  1    0.0000  0    2    1    0  
  H    1.11047  1  122.2258  1  180.0000  1    2    1    3 
  
 3 1 4
 3 2 4

キーワード行

１行目はキーワード行です。どのような計算を行わせるかをキーワードにより指定します。

PM6: PM6ハミルトニアンを使用する。（バージョンによってデフォルトが異なるので、明示的に指定すべきです。）

EF: 極小点の探索に Eigenvector Followingルーチンを使用する。新しいMOPACでは、通常デフォルトでEF法を使用するので、指定しなくても良い。

PRECISE: 収束判定条件を 100 倍厳しくする。（慣れてきたら、GNORM=n.nn と SCFCRT=n.nn あるいは RELSCF=n.nn を使って指定するのが望ましい。）

SYMMETRY: 構造の定義に対称性（等価性）を利用する。

タイトル行

２行目はタイトル行です。通常は計算対象の分子の名前などを記入します。

コメント行

３行目はコメント行です。計算に関する情報を記入します。空行でもかまいません

構造データ

座標

４～７行目は構造データです。元素記号または原子番号で原子の種類を指定します。分子構造は、内部座標（Zマトリックス）あるいはXYZ座標で定義します。

座標値（内部座標では、結合距離、結合角および二面角）の後の整数は構造最適化のフラッグです。

1　　最適化する
0　　最適化しない
-1　　Minimum Energy Pathの変数あるいはエネルギー曲面上の格子点計算の変数とする

構造データの終了

８行目　　構造定義の終了を示すために空行を入れます。

対称性（等価性）の指定

９行目　　3番目(6行目)の原子の結合距離 (1)の値を4番目の原子の結合距離の値とする
10行目　　3番目(6行目)の原子の結合角 (2)の値を4番目の原子の結合角の値とする