Winmostar 計算メニュー

MOPAC     キーワード 分子軌道表示Energy LeveCharge, Dipole Animation IRC, STEPForce

GAMESS     キーワードAnimationMO, Charge, Dipole振動スペクトル

Gaussian     キーワードAnimation最適化構造MO, UV, Charge, Dipole振動スペクトルFchk (Cubegen)Cube Plot

CNDO/S     キーワードUV-VIS スペクトル表示

MOPAC

MOPAC キーワード Setup

MOPACの計算を実行するためのデータファイルに記述されるキーワードのリストのデフォルトを設定します。
各項目を選択して指定し、[Set]ボタンをクリックします。

mopac setup

Hamiltonian 使用するハミルトニアンを指定します。
 AM1   MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2009
 PM3   MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2009
 RM1   MOPAC 2009
 AM1 EXTERNAL=RM1.rm1   MOPAC 7.1, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2009
 PM5   MOPAC 2002, MOPAC 2006
 PM6   MOPAC 2009
 MINDO/3   MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006
 MNDO   MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2009
 MNDO-d   MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2009
Method 計算方法を指定します。
 EF   EF (Eigen Vector Following)法による構造最適化計算を行います。
 TS   遷移状態を求めます。
 FORCE   振動解析を行います。
 1SCF   1回だけSCF計算を行います。(構造最適化を行いません。)
 IRC   固有反応座標計算を行います。エネルギーは保存されません。
 IRC=1   1番目の基準振動の逆方向を指定して固有反応座標計算を行います。
 IRC=-1   1番目の基準振動の正方向を指定して固有反応座標計算を行います。
Charge 電荷の値を指定します。
Multiplicity 多重度を指定します。
OPEN 開殻計算における電子数と軌道数を指定します。
MM MMOK: CONH結合に分子力学補正を加えます。 NOMM: CONH結合に分子力学補正を加えません。
GNORM エネルギー勾配ノルムの閾値を指定します。
LARGE 指定したサイクルごとに情報を出力します。
GRAPH 分子軌道をグラフィックス表示するためのファイルを作成します。(GPAGH/GRAPHF)
EXTERNAL ディスク上のパラメータ・ファイルを読み込みます。
STEP 反応座標計算におけるきざみ幅を指定します。
POINT 反応座標計算における計算点数を指定します。
STEP1/2 グリッド計算におけるきざみ幅を指定します。
POINT1/2 グリッド計算における計算点数を指定します。
BONDS 最終の結合次数行列を出力します。
ENPART エネルギーを1中心および2中心項に分解するエネルギー分割を指定します。
ESP 静電ポテンシャルを計算します。
EXCITED 一重項第一励起状態を最適化します。
GEO-OK 原子が異常に近接している場合のチェックを無視します。
NOINTER 原子間距離を出力しません。
OLDFPC 古いバージョンのMOPACと同じ基準物理量の値を用います。
POLAR 分極率を計算します。
PRECISE 収束判定条件を 100 倍厳しくします。
SYMMETRY 対称性や等価条件を利用して構造を定義します。
UHF 非制限Hartree-Fock計算を実行します。
VECTORS 最終固有ベクトル(波動関数)を出力します。
XYZ XYZ座標系を用いて計算を行います。
Others その他のキーワードを記入します。
Default Keywords  
 Load   保存してある設定を読み込みます。
 Save   設定を保存します。
 Reset   初期化します。
Set 設定します。
Cancel 設定を行わずに終了します。

戻 る

Mopac 分子軌道表示 (mgf, gpt)

MOAPCによる計算結果にもとづいて分子軌道を図示します。

mopac moplot

Mesh 分子軌道の等値面を格子で表現します。
Contour Map 分子軌道の等値面をソリッドモデルで表現します。 
透明 透明度を指定します。(0: 不透明、1: 透明)
Number of MO 表示する分子軌道の番号を指定します。 (HOMOとLUMOの番号が上部に表示されています。)
Iso. Level 描く確率電子密度の等値面の値を指定します。 (1/A^3)
Points 格子点の数 (デフォールト 50)
Scale 描く範囲を指定するスケール・ファクター (デフォールト 1.5)
EnergyLevel エネルギー準位の図を表示します。
3D 3D Viewerを利用して表示します。
2D 分子表示ウィンドウ内で格子で表現します。
VRML VRMLで表示します。(VRMLビューワがインストールされている必要があります)
Quit このウィンドウを閉じます。
Jmol Jmol用のスクリプトを出力します。
   
 ※ 3D表示の際のメニューについては、3D Viewer を参照してください。
 ※ 3D表示の際のPreferenceについては、3D - Preferenceを参照してください。

戻 る

Energy Level Diagram

分子軌道のエネルギー準位を表示します。

energy diagram

Excel Excelを起動し、エネルギー順位の表を出力します。
a.u./eV 単位を切り替えます。
スライダー 原点位置を移動します。
  拡大率(描画範囲)を指定します。
Quit ウィンドウを閉じます。

戻 る

MOPAC Import Charge, Dipole (arc)

MOPACによる計算の結果を読み込んで、双極子モーメントを表示します。

「表示」−「双極子モーメント」メニューで、「表示」にチェックされていることが必要です。

MOPAC Import Animation (arc)

MOPACによるMinimum Energy Path(Reaction Coordinate)計算の結果を読み込んで、アニメーションを表示します。

animation

Animation  
スライダー フレームを移動します。
Rewind 最初のフレームに移動します。
Last 最後のフレームに移動します。
Slow - Fast 速度を設定します。
ファイル名 書き出すファイル名を指定します。
3D anime 3D Viewer画面でアニメーションを表示します。
Jpeg アニメーションを実行する際に一連のJPEGファイルを書き出します。
GIF アニメーションを実行する際に一連のGIFファイルを書き出します。
autorew 自動的に巻き戻して連続してアニメーションを実行します。
3D 3D Viewerを起動して表示し、アニメーションの設定ウィンドウを表示します。
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
ligand CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
>| ( | アニメーションの実行 (停止)
Quit Animation ウィンドウを閉じます。

戻る

MOPAC Import IRC, STEP (out)

MOPACによるIRC計算結果を読み込んで、アニメーションを表示します。
irc animation

Animation  
スライダー フレームを移動します。
Rewind 最初のフレームに移動します。
Last 最後のフレームに移動します。
Slow - Fast 速度を設定します。
3D anime 3D Viewer画面でアニメーションを表示します。
Jpeg アニメーションを実行する際に一連のJPEGファイルを書き出します。
GIF アニメーションを実行する際に一連のGIFファイルを書き出します。
3D 3D Viewerを起動して表示し、アニメーションの設定ウィンドウを表示します。
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
>| ( | アニメーションの実行 (停止)
Quit Animation ウィンドウを閉じます。

戻 る

MOPAC Import Force (out)

MOPACによるForce計算結果を読み込んで、振動スペクトルを表示します。

mopac ir

左側の一覧からクリックして選択したピークの位置が赤線で表示されます。

IR Spectrum  
Quit IR Spectrum ウィンドウを閉じます。
Save スペクトルの図をGIFファイルまたはJPEGファイルを書き出します。
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
Anim. 選択された振動数(ピーク)に相当する振動のアニメーション表示を行います。
Vector 選択された振動数(ピーク)に相当する振動のベクトル表示を行います。
copy スペクトルの図をクリップボードにコピーします。
Displ.F  
Y-Level 縦軸の縮尺を変更します。
単位 1/cm、eV、nmから単位を選択します。
Scal.F. 系統的誤差を補正するためのスケーリング・ファクターを選択します。
Width 半値幅を設定します。
X-min 波数(波長)軸の表示する範囲を指定します。
X-max 波数(波長)軸の表示する範囲を指定します。
X-rev 波数(波長)軸を反転して表示します。
IR IRスペクトルを表示します。
Rev. 上下を反転して表示します。(吸収スペクトル)

戻 る

GAMESSp

GAMESS キーワード Setup

GAMESSによる計算を実行するためのデータファイルに記述されるキーワードなどを設定します。
各項目を選択して指定し、[Set]ボタンをクリックします。

gamess setup

 
 ICHARG   電荷を指定します。
 MULT   多重度を指定します。
 SCFTYP   SCF計算方法を指定します。
 RUNTYP   計算目的を選択します。
 COORD   分子構造データの形式を指定します。
 MAXIT   SCF計算の反復回数の上限を指定します。
 NZVAR   内部座標の数を指定します。
 EXETYP   実際に計算を行うかどうかの指定で、入力をチェックするときはCHECKを指定します。
 NOSYM   計算の際に対称性を利用するかどうかを指定します。
 NPRINT   出力の詳細度を指定します。
 LOCAL   軌道の局在化の方法を指定します。(デフォルト 0 = しない)
 ECP   Pseudopotentialを指定します。
 DFTTYP   密度汎関数法の基底関数系を指定します。
 TDDFT   時間依存(Time-dependent)DFT法を用いて励起状態のエネルギー計算を行うかどうかを指定します
 Others   その他のキーワードを記入します。
$ZMAT DLC=.T. AUTO=.T. $END NZVAR=3N-6
&SYSTEM  
 TIMLIM   計算の制限時間 (デフォルト 600分)
 MWORDS   メモリー使用量 (デフォルト 1MW)
 Others   その他のキーワードを記入します。
$GUESS  
 GUESS   初期波動関数の求め方を指定します。
 Others   その他のキーワードを記入します。
$STATPT  
 NSTEP   構造最適化のステップ数の上限を指定します。(デフォルト 20)
 OPTTOL   エネルギー勾配の閾値を指定します。(デフォルト 0.0001 Hartree/Bohr)
 METHOD   構造最適化のアルゴリズムを指定します。
 HESS   Hessian 行列の求め方を指定します。
 Others   その他のキーワードを記入します。
$SCF  
 DIRSCF   ダイレクトSCF計算法を使用するかどうかを指定します。
 DAMP   Fock 行列の作成に際して、Davidson damping を利用します。
 CONV   SCF収束判定の際の密度変化の閾値を指定します。(デフォルト 1.0D-05)
 Others   その他のキーワードを記入します。
$BASIS  
 Basis Set   基底関数系を選択します。
  GBASIS   基底関数系の基本セット
  NGAUSS   Gaussian関数の数
  NDFUNC   加えるd-分極関数の数
  NFFUNC   加えるf-分極関数の数
  NPFUNC   加えるp-分極関数の数
  DIFFSP   sp-diffuse関数を加えるかどうかの指定
  DIFFS   s-diffuse関数を加えるかどうかの指定
 EXTFIL   外部ファイルから基底関数を読み込みます。
 Others   その他のキーワードを記入します。
$DFT  
 LC   遠距離補正を行うかどうかを指定します。(BLYP, BOP及び BVWNの場合のみ)
 MU   遠距離補正のパラメータの値を指定します。(デフォルト 0.33)
 Others   その他のキーワードを記入します。
$TDDFT  
 NSTATE   求める状態の数(基底状態をのぞく)を指定します。
 NRAD   密度汎関数の導関数を求める際の動径方向の格子点の数を指定します。(デフォルト 48)
 NLEB   角度方向の格子点の数を指定します。(デフォルト 110)
Others   その他のキーワードを記入します。
Default Keywords  
 Load   保存してある設定を読み込みます。
 Save   設定を保存します。
 Reset   初期化します。
Set 設定します。
Cancel 設定を行わずに終了します。

戻 る

GAMMES Import

Animation

GAMMESによる計算結果にもとづいてアニメーションを図示します。

※ メニューについては、MOPAC IRC Out の項を参照してください。

戻 る

MO, Charge, Dipole(分子軌道と電荷などの表示)

GAMMESによる計算結果にもとづいて分子軌道と電荷などを図示します。

※ 分子軌道の表示メニューについては、MOPAC MO Plot の項を参照してください。

戻 る

振動スペクトルの表示 (Hessian/Raman)

GAMMESによる計算結果にもとづいて振動スペクトルを図示します。

※ メニューについては、MOPAC Import Force (out)の項を参照してください。

戻 る

Gaussian

Gaussian キーワード Setup

Gaussianによる計算を実行するためのデータファイルに記述されるキーワードのリストのデフォルトを設定します。
各項目を選択して指定し、[Set]ボタンをクリックします。

gaussian setup

Link0  
 #nproc=n   プロセッサ数を指定します。
 #Chk=file   チェックポイントファイルを指定します。
 #Mem=n   動的メモリ量をワード単位で指定します。KB, MB, GB, KW, MB, GWの単位を指定することもできます。(デフォルト:6MW)
Comment コメントを記述します。
# ルートセクションの始まりを指定します。
 #N   標準レベルで出力を行います。(デフォルト)
 #P   詳細な出力を行います。各リンクの開始時と終了時における実行時間などや,SCFの収束に関する情報が出力されます。
 #T   重要な情報と結果のみを出力する簡潔な出力を指定します。
Hamiltonian 使用するハミルトニアンを指定します。
 hf   Hartree-Fock計算を行います。明示的に指定されない限り,一重項にはRHFを,それより高次の多重度ではUHFを用います。
 rhf   Restricted Hartree-Fock計算を行います。
 uhf   Unrestricted Hartree-Fock計算を行います。
 am1   AM1ハミルトニアン を用いた半経験的計算を行います。
 pm3   PM3ハミルトニアン を用いた半経験的計算を行います。
 pm3mm   HCON結合に関する分子力学補正が含まれたPM3ハミルトニアン を用いた半経験的計算を行います。
 b3lyp   Becke3汎関数にLYP非局所相関汎関数を組み合わせた密度汎関数法計算を行います。
 ub3lyp   開殻系のための非制限B3LYP法
 mp2   Hartree-Fock計算の後に2次までのMoller-Plesset相関エネルギー補正を行います。
 ump2   開殻系のための非制限MP2法
 mp4   Hartree-Fock計算の後に4次までのMoller-Plesset相関エネルギー補正を行います。
 ump4   開殻系のための非制限MP4法
 cis   1電子励起配置間相互作用計算を行います。
 cisd   1および2電子励起配置間相互作用計算を行います。(CIと同義)
 indo   INDOハミルトニアンを用いた半経験的計算を行います。
 zindo   ZernerのINDO/S法による光吸収の計算を行います。
 zindo(nstates=10)   ZernerのINDO/S法による光吸収の計算を行い、10の励起状態に対する解を求めます。
 gvb   GVB(General Valence Bond; 一般化原子価結合)計算を行います。
 oniom   ONIOM計算を行います。
Basis 基底関数セットを指定します。
Pop 分子軌道や電子密度解析及び原子の電荷分布などの出力を制御します。
 none  分子軌道を出力せず,電子密度解析も行いません。
 minimal  原子の電荷と軌道エネルギーを出力します。
 regular  占有軌道と仮想軌道を5つずつ出力します。密度行列とMulliken電子密度解析も出力します。
 full  すべての占有軌道と仮想軌道を出力します。密度行列とMulliken電子密度解析も出力します。
Calc. Type  
 opt   構造最適化を実行します。
 opt=z-matrix   内部座標で構造最適化を行います。
 opt=modredundant    redundant内部座標の定義(探索や束縛情報を含む)を追加・削除・修正します。構造指定部の後に入力セクションが必要です。
 opt=(ts,noeigentest,calcfc)   遷移状態に対する最適化を行います。曲率のテストを行いません。初回に力の定数を計算します
 irc   反応経路を追跡します
 irc=(maxpoint=20,stepsize=20t,calcfc)   反応経路を追跡します。経路上の点の個数とステップサイズを指定します。初回に力の定数を計算します
MaxCyc=n 最適化ステップの最大数をnにします。
Charge 電荷の値を指定します。
Multi. 多重度を指定します。
Freq  
 freq   力の定数と振動数の計算を行います。
 freq=raman   IR強度に加えてラマン強度も計算します。
 freq=vcd   通常の振動数解析に加えて振動円二色性(VCD)強度を計算します
 freq=noraman   Hartree-Fock解析的振動数計算でラマン強度を求めません。
 freq=nraman   電場に関する解析的双極子導関数を数値的に微分することによって分極率導関数を求めます。
 freq=nnraman   核座標に関する解析的分極率を数値微分して分極率導関数を求めます。
Td  
 td   時間依存(time-dependent)Hartree-FockまたはDFT法を用いて励起状態のエネルギー計算を行います
 td=(nstates=n)   n個の状態に対して時間依存計算法を用いて励起状態のエネルギーを求めます。(デフォルト 3)
gfinput 基底関数系を入力フォーマットと同様な形式で出力します。
gfprint 基底関数系を表形式で出力します。
nosym 座標の再配向を行わず、Z-matrix 配向ですべての計算を実行します。
guess=read チェックポイントファイルから初期波動関数を読み込みます
geom=check 分子構造指定セクションをチェックポイントファイルから取り出します。
Others その他のキーワードを記入します。
Default Keywords  
 Load  保存してある設定を読み込みます。
 Save  設定を保存します。
 Reset  初期化します。
Set 設定します。
Cancel 設定を行わずに終了します。

戻 る

Gaussian Import Animation

Gaussianによる計算結果にもとづいてアニメーションを図示します。

※ メニューについては、MOPAC IRC Out の項を参照してください。

Gaussian Import Opt

Gaussianによる計算結果にもとづいて最適化構造を図示します。

※ メニューについては、MOPAC Import IRC, STEP (out) の項を参照してください。

戻 る

Gaussian Import MO, UV, Charge, Dipole (分子軌道と紫外・可視スペクトル及び電荷などの表示)

Gaussianによる計算結果にもとづいて分子軌道と紫外・可視スペクトル及び電荷などを図示します。

※ 分子軌道の表示メニューについては、MOPAC Import - MO (mgf, gpt) の項を参照してください。

※ 紫外・可視スペクトルの表示メニューについては、UV-VISスペクトル表示 の項を参照してください。

戻 る

Gaussian Import Freq 振動スペクトルの表示

Gaussianによる計算結果にもとづいて振動スペクトルを図示します。

※ メニューについては、MOPAC Import Force (out)の項を参照してください。

戻 る

Gaussian Import Fchk (Cubegen)

Gaussian for Windows ユーティリティのCubegenを起動し、.fchファイルを読込んでCubeファイルを作成します。

fchk

Mesh 分子軌道の等値面を格子で表現します。
Contour Map 分子軌道の等値面をソリッドモデルで表現します。 
透明 透明度を指定します。(0: 不透明、1: 透明)
Property  
 / MO  分子軌道
 / Density  電子密度
 / ESP  スピン密度
 / Spin  スピン密度(α - β)
 / Alpha  αスピン密度
 / Beta  βスピン密度
 / Current Density  磁場存在下(GIAO)での電子密度の大きさ
 / Shielding Density  磁気遮蔽密度
Type Density キーワードのオプションを指定します。 (HF, MP2, CI, QCI)
Number of MO 対象とするする分子軌道の番号を指定します。 (HOMOの番号が上部に表示されています。)
Points 一辺あたりの格子点数を指定します。
Cube Cubeファイルを出力します。
Quit このウィンドウを閉じます。

戻 る

Gaussian Import Cube (Gaussian Cube Plot)

Cubeファイルを読込んで図示します。

cube

File 「ファイルを開く」ダイアログを表示し、cubeファイルを読み込みます。
Mesh 分子軌道の等値面を格子で表現します。
Contour Map 分子軌道の等値面をソリッドモデルで表現します。 
透明 透明度を指定します。(0: 不透明、1: 透明)
ABS  
参照 「ファイルを開く」ダイアログを表示し、cubeファイルを読み込みます。
Map  
 / 参照  「ファイルを開く」ダイアログを表示し、マッピングに用いる2番目のcubeファイルを読み込みます。
 / map  上の欄のデータに下の欄のデータをマッピングします。(例 DensityにESPをマッピングする)
 / subtract  2つのcubeファイルのデータの差を対象とします。
 / sub 2  2つのcubeファイルのデータの自乗の差を対象とします。
 / add  2つのcubeファイルの和を対象とします。
Iso. Level 描く確率電子密度の等値面の値を指定します。 (1/A^3)
Scale 描く範囲を指定するスケール・ファクター (デフォールト 1.5)
3D 3D Viewerを利用して表示します。
Cube Mapで対象としたcubeファイルの演算結果を出力し表示の対象とします。
VRML VRMLで表示します。(VRMLビューワがインストールされている必要があります)
Quit このウィンドウを閉じます。
   
 ※ 3D表示の際のメニューについては、3D Viewer を参照してください。
 ※ 3D表示の際のPreferenceについては、3D - Preferenceを参照してください。

戻 る

UNIX Server

Submit Job

UNIXサーバ上のGaussinaプログラムによる計算ジョブを実行するための設定をします。

Profile 登録されているプロフィールから設定を選択します。
 New  新しいプロフィールを開きます。
 Copy  Profile欄に表示されているプロフィールをコピーします。
 Rename  プロフィールの名前を変更します。OKをクリックすると確定します。
 Delete  Profile欄に表示されているプロフィールを削除します。
Quit このウィンドウを閉じます。

戻 る

CNDO/S

CNDO/S キーワード Setup

CNDO/S法による計算を実行するための設定を行います。

cndos setup

Method 計算方法を指定します。 (CNDO または INDO)
Multiplicity 一重項(または三重項)励起状態の計算を指定します。  SINGLET (TRIPLET)
Basis 基底関数を指定します。(SP または SPD)
BONDS 結合次数を出力することを指定します
NOINTER 原子間距離を出力しません。
SHORT 出力の簡略化を指定します。
OUTMO MOLMOL2用のファィルを出力します。
Repul.Integ. 反発積分の式を指定します。  1: Pariser 2: 大野 3: 西本−又賀 4: 理論式
Nuc.Repul. 核間反発エネルギーの式を指定します。  1: Za * Zb / 1  2: Za * Zb * γab
PKAPPA p電子に対するΚの値を指定します 。 デフォルト値  0.585
DKAPPA d電子に対するΚの値を指定します。 デフォルト値  0.3
CHARGE 電荷
CI 励起状態のCI 計算に含める状態の数を指定します。 (上限 500)
No. of Excited 結合次数を出力する励起状態の数を指定します。
Set 設定します。
Cancel 設定を行わずに終了します。
原子種、座標 Winmostarが自動的に生成します。

戻 る

UV-VIS スペクトル表示

Gaussian、CNDO/S及びMOSFによる計算結果にもとづいて紫外・可視スペクトルの吸収位置、強度の理論値を図示します。

cndos spectrum

File  
 Open  CNDO/SまたはMOSFによる出力ファイルを読み込みます。 
 Exit  ウィンドウを閉じます。
Quit ウィンドウを閉じます。
Xmax 表示する波長の上限 (nm)
Xmin 表示する波長の下限 (nm)
Ymax 縦軸(振動子強度)の上限
Peaks 指定した数のピークについて波長と振動子強度の値を図の中に記入します。(長波長側から)
   
※ Xmax、Xmin、Ymax、Peaksの指定は、 ウィンドウサイズを変更した際に反映されます。

※ 「MO Plot」ウィンドウメニューについては、MOPAC Import MO (mgf, gpt) の項を参照してください。

Return