分子の編集は、多くの場合、選択原子(太線の赤丸で表示)と前選択原子(細線の赤丸で表示)に対して行う操作が基本になります。選択原子は、分子表示画面上の原子をクリックするか、Z-Matrix表示画面上の行をクリックすることで変更できます。前選択原子とは一つ前の段階の選択原子です。
例えば、原子を削除するには、まず削除したい原子をクリックして選択しておき、プルダウンメニューの編集(E)/原子削除(または[Del]ボタン)で行います。
部分移動・回転・削除は、選択原子に結合している(前選択原子を除く)原子グループをまとめて操作します。部分移動・回転・削除をするために結合を変更したい場合は、[結合付加]と[結合削除]で行えます。
原子追加、原子移動、部分回転等の操作を途中でキャンセルするには、プルダウンメニューのチェックをはずすかEscキーを押します。
[部品置換]は、原子を右クリックすることでも行えます。また、 [原子削除]は、Shiftキー+マウス右クリックで行えます。
[元に戻す] | 分子の編集操作を元に戻します。20回まで可能です。 | |
[やり直し] | 元に戻した操作をやり直します。20回まで可能です。 | |
[直接編集] | 座標データをエディタで直接編集します。 | |
[回転方法]▶ | ||
[自由回転] | ドラッグすると画面内の(マウスカーソルの移動方向に垂直な)軸のまわりで分子が回転します。 | |
[X軸回転] | 上下にドラッグするとX軸のまわりで分子が回転します。 | |
[Y軸回転] | 左右にドラッグするとY軸のまわりで分子が回転します。 | |
[Z軸回転)] | 上下または左右にドラッグするとZ軸のまわりで分子が回転します。 | |
[原子追加] F4 | 原子を追加します。[Add]ボタンと同じです。 | |
[原子移動] F5 | マウスをドラッグすることにより選択した原子を移動します。 | |
[原子削除] Shift+F4 | 選択した原子を削除します。[Del]ボタンと同じです。 | |
[元素変更] Shift+F5 | 選択した原子の元素名を変更します。[Chng]ボタンと同じです。 | |
[水素付加]▶ | 水素を付加します。 | |
[座標調整] | ||
[全原子] | 全原子に水素を自動的に付加します。 | |
[1原子] | 選択原子に水素を自動的に付加します。 | |
[1原子(H1)] | 選択原子に水素を1個付加します。 | |
[1原子(H2)] | 選択原子に水素を2個付加します。 | |
[1原子(H3)] | 選択原子に水素を3個付加します。 | |
[水素削除] | 水素を削除します。 | |
[部品置換] F6 | 選択した原子を部品コンボボックスの現在の部品で置換します。。"-CHCH-"と"-CH-"は多環構造を作る為の部品で、前選択原子側に炭素原子が近づく構造になります。 [Rep]ボタンと同じです。原子を右クリックすることでも置換されます |
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[部分回転] | 前選択原子と選択原子を通る軸の周りで、選択原子側の原子グループを回転します。2つの選択原子の前に、さらに2つの原子を選択しておくと、回転軸周りの二面角が表示されます。 | |
[結合角変更] | 前選択原子を中心に結合角を変更します。選択原子側の原子グループが画面上の平面で回転するので、分子を回転してから行うと、いろいろな変形ができます。 | |
[部分移動] | 選択側の原子グループを移動します。 | |
[部分削除] | 選択側の原子グループを削除します。 | |
[部分自由回転] | 選択側の原子グループを自由回転します。 | |
[部分固定・自由] | 選択原子グループの最適化指標を変更します。 | |
[部分クリーン] | 選択側の原子グループだけを対象に簡易分子力場法で構造最適化を行います。 | |
[変更]▶ | ||
[距離] | 数値を直接入力して、指定した原子間の距離を変更します。 | |
[角度] | 数値を直接入力して、指定した原子間の角度を変更します。 | |
[二面角] | 数値を直接入力して、指定した原子間の二面角を変更します。 | |
[結合付加] F7 | 前選択原子と選択原子の間に結合を追加します。 | |
[結合削除] F8 | 前選択原子と選択原子の間の結合を削除します。 | |
[環構築] F9 | 選択した末端二原子間で環を作ります。多環用部品の"-CHCH-"や"-CH-"を自動的に付加します。 | |
[番号交換] | 選択原子と前選択原子の番号を交換します。 | |
[原子の並び替え] | 水素原子が後ろに来るように、原子を並び替えます。 | |
[部品登録] | 編集中の分子を部品として登録します。結合させる末端原子を選択しておく必要があります。 | |
[部品削除] | 現在の部品の登録を削除します。 | |
[移動] | 分子を上下左右に移動します。クリックするかEscキーを押すと、移動モードから抜けます。 | |
[原点復帰] | 原点を画面の中心に戻します。 | |
[重心原点] | 指定すると、常に重心を原点に調整します。 | |
[初期配向]▶ | ||
[配向] | 初期配向に戻します。 | |
[再設定] | 現在の配向を初期配向に設定します。 | |
[再設定(3点)] | 事前にクリックして指定した3点で決まる平面を、初期配向に設定します。[重心原点]のチェックがない時は、1点目が原点になります。 | |
[原点設定] | 選択した原子を原点に設定します。[重心原点]にチェックがある時は動作しません。 | |
[Z-Matrix]▶ | ||
[原子追加(E)] | 元素ウィンドウの原子を追加します。原子を置きたい所をクリックした後、結合関係を示す3原子をクリックします。 | |
[ダミー原子追加] | ダミー原子を追加します。 | |
[2面角変更] | Z-Matrixの二面角を変更します。 | |
[結合関係変更] | Z-Matrixの結合関係を変更します。 | |
[原子移動(Z-Mat)] | 1原子を移動することで、Z-Matrixの結合関係にある原子も移動します。 | |
[Z-Matrix再生成] | Z-Matrixを再生成します。結合関係も再生成されます。 | |
[その他]▶ | ||
[クリーン] | 簡易分子力場法で構造最適化を行います。 | |
[結合再生成] | 全原子の結合を再生成してから再描画します。 | |
[結合関係保持] | チェックされている場合は、分子編集時に結合関係が変わらないようにします。 | |
[XYZ座標保持] | チェックされている場合は、結合関係を変えてもXYZ座標位置が変わらないように結合長・結合角等が自動的に修正されます。 | |
[座標反転] | 座標を反転し、鏡像体に変換します。 | |
[鏡像体生成] | 鏡像体を生成します。 | |
[部分重心] | 部分重心を求めた位置にダミー原子を置きます。 |