[編集]メニューの説明

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分子の編集は、多くの場合、選択原子(太線の赤丸で表示)と前選択原子(細線の赤丸で表示)に対して行う操作が基本になります。選択原子は、分子表示画面上の原子をクリックするか、Z-Matrix表示画面上の行をクリックすることで変更できます。前選択原子とは一つ前の段階の選択原子です。

例えば、原子を削除するには、まず削除したい原子をクリックして選択しておき、プルダウンメニューの編集(E)/原子削除(または[Del]ボタン)で行います。

部分移動・回転・削除は、選択原子に結合している(前選択原子を除く)原子グループをまとめて操作します。部分移動・回転・削除をするために結合を変更したい場合は、[結合付加]と[結合削除]で行えます。

原子追加、原子移動、部分回転等の操作を途中でキャンセルするには、プルダウンメニューのチェックをはずすかEscキーを押します。

[部品置換]は、原子を右クリックすることでも行えます。また、 [原子削除]は、Shiftキー+マウス右クリックで行えます。

[元に戻す] 分子の編集操作を元に戻します。20回まで可能です。
[やり直し] 元に戻した操作をやり直します。20回まで可能です。
[直接編集] 座標データをエディタで直接編集します。
[回転方法]▶
  [自由回転] ドラッグすると画面内の(マウスカーソルの移動方向に垂直な)軸のまわりで分子が回転します。
  [X軸回転] 上下にドラッグするとX軸のまわりで分子が回転します。
  [Y軸回転] 左右にドラッグするとY軸のまわりで分子が回転します。
  [Z軸回転)] 上下または左右にドラッグするとZ軸のまわりで分子が回転します。
[原子追加] F4 原子を追加します。[Add]ボタンと同じです。
[原子移動] F5 マウスをドラッグすることにより選択した原子を移動します。
[原子削除] Shift+F4 選択した原子を削除します。[Del]ボタンと同じです。
[元素変更] Shift+F5 選択した原子の元素名を変更します。[Chng]ボタンと同じです。
[水素付加]▶ 水素を付加します。
  [座標調整]  
  [全原子] 全原子に水素を自動的に付加します。
  [1原子] 選択原子に水素を自動的に付加します。
  [1原子(H1)] 選択原子に水素を1個付加します。
  [1原子(H2)] 選択原子に水素を2個付加します。
  [1原子(H3)] 選択原子に水素を3個付加します。
[水素削除] 水素を削除します。
[部品置換] F6 選択した原子を部品コンボボックスの現在の部品で置換します。。"-CHCH-"と"-CH-"は多環構造を作る為の部品で、前選択原子側に炭素原子が近づく構造になります。
[Rep]ボタンと同じです。原子を右クリックすることでも置換されます
[部分回転] 前選択原子と選択原子を通る軸の周りで、選択原子側の原子グループを回転します。2つの選択原子の前に、さらに2つの原子を選択しておくと、回転軸周りの二面角が表示されます。
[結合角変更] 前選択原子を中心に結合角を変更します。選択原子側の原子グループが画面上の平面で回転するので、分子を回転してから行うと、いろいろな変形ができます。
[部分移動] 選択側の原子グループを移動します。
[部分削除] 選択側の原子グループを削除します。
[部分自由回転] 選択側の原子グループを自由回転します。
[部分固定・自由 選択原子グループの最適化指標を変更します
[部分クリーン 選択側の原子グループだけを対象に簡易分子力場法で構造最適化を行います
[変更]▶  
  [距離] 数値を直接入力して、指定した原子間の距離を変更します。
  [角度] 数値を直接入力して、指定した原子間の角度を変更します。
  [二面角] 数値を直接入力して、指定した原子間の二面角を変更します。
[結合付加] F7 前選択原子と選択原子の間に結合を追加します。
[結合削除] F8 前選択原子と選択原子の間の結合を削除します。
[環構築]  F9 選択した末端二原子間で環を作ります。多環用部品の"-CHCH-"や"-CH-"を自動的に付加します。
[番号交換] 選択原子と前選択原子の番号を交換します。
[原子の並び替え] 水素原子が後ろに来るように、原子を並び替えます。
[部品登録] 編集中の分子を部品として登録します。結合させる末端原子を選択しておく必要があります。
[部品削除] 現在の部品の登録を削除します。
[移動] 分子を上下左右に移動します。クリックするかEscキーを押すと、移動モードから抜けます。
[原点復帰] 原点を画面の中心に戻します。
[重心原点] 指定すると、常に重心を原点に調整します。
[初期配向]▶
  [配向] 初期配向に戻します。
  [再設定] 現在の配向を初期配向に設定します。
  [再設定(3点)] 事前にクリックして指定した3点で決まる平面を、初期配向に設定します。[重心原点]のチェックがない時は、1点目が原点になります。
  [原点設定] 選択した原子を原点に設定します。[重心原点]にチェックがある時は動作しません。
[Z-Matrix]▶
  [原子追加(E)] 元素ウィンドウの原子を追加します。原子を置きたい所をクリックした後、結合関係を示す3原子をクリックします。
  [ダミー原子追加] ダミー原子を追加します。
  [2面角変更] Z-Matrixの二面角を変更します。
  [結合関係変更] Z-Matrixの結合関係を変更します。
  [原子移動(Z-Mat)] 1原子を移動することで、Z-Matrixの結合関係にある原子も移動します。
  [Z-Matrix再生成] Z-Matrixを再生成します。結合関係も再生成されます。
[その他]▶
  [クリーン] 簡易分子力場法で構造最適化を行います。
  [結合再生成] 全原子の結合を再生成してから再描画します。
  [結合関係保持] チェックされている場合は、分子編集時に結合関係が変わらないようにします。
  [XYZ座標保持] チェックされている場合は、結合関係を変えてもXYZ座標位置が変わらないように結合長・結合角等が自動的に修正されます。
  [座標反転] 座標を反転し、鏡像体に変換します。
  [鏡像体生成] 鏡像体を生成します。
  [部分重心] 部分重心を求めた位置にダミー原子を置きます。

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