分子表面積・体積

分子の体積や表面積を計算します。この計算は函館高専の長尾 輝夫氏のﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑを使用しています。

(1)VAN DER WAALS MOLECULAR SURFACE(VMS)：　原子をVan del Walls半径の球に置き換えた表面
(2)ACCESSIBLE MOLECULAR SURFACE：　VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった溶媒分子の中心の面
(3)MOLECULAR SURFACE：　VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった接触表面と凹角表面
SOLVENT-EXCLUDED SURFACE、または、Connolly SURFACEとも呼ばれます。
・OVALITYの計算は千田が追加しました。
OVALITY：　分子表面積/最小表面積。本来は(3)のMOLECULAR SURFACEを使うようです。
最小表面積とは、分子体積が等しい真球の表面積：4π(3V/4π)**(2/3)