スタンドアローン版Jmolのメニューバーの説明

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［ツールボタン］

Open ［Open a FIle］ ファイルからデータを読込みます。
Open ［Save Current View as an Image］ JPEGなどの形式で保存します。
Open ［Export View to Web Page］ Jmol Webpage Maker を起動します。
Open ［Render in POV-Ray］ POV-Rayを利用して高精細画像を出力します。
Open ［Save Current View as a Jmol state script］ 現在の状態をJmol Scriptとして保存します。
Open ［Print View］ 印刷します。
Open ［Rotate Molecule］ 分子を回転させます。
Open ［Select a set of atoms using SHIFT-LEFT-DRAG］ 原子や領域を選択します。
Open ［Click atoms to measure distances］ 距離や角度の表を表示します。
Open ［Return Molecule to Home Position］ 分子を最初の位置に戻します。
Open ［Rewind to First Frame］ 最初のフレームまで巻き戻します。
Open ［Go to Previous Frame］ 一つ前のフレームに移動します。
Open ［Go to Next Frame］ 次のフレームに移動します。
Open ［Go to Last Frame］ 最後のフレームに移動します。

［File］

［New］ 新規ウィンドウを開きます。
［Open］ ファイルからデータを読込みます。
［Open URL］ URLを指定して、ネットワーク上のファイルからデータを読込みます。
［Get PDB file］ PDB IDを指定して、データを取得して読込みます。
［Get MOL file］ 分子の名前または識別子（SMILES、InChI、CAS）を指定して、データを取得して読込みます。
［Recent Files...］ 最近開いたファイルの一覧を表示します。
［Reload］ 開いているファイルを再度読み込みます。
［Export］ 24ビットのカラー・イメージを出力することができます。
　/［Export Image］ JPEGなどの形式で保存します。
　/［Export to Web Page］ Jmol Webpage Maker を起動します。
　/［Render in POV-Ray］ POV-Rayを利用して高精細画像を出力します。（POV-Rayがインストールされている必要があります。）
　/［Write State］ 現在の状態を.sptファイルとして保存します。
　/［Gaussian］ Gaussianプログラムの入力用データを作成して保存します。
［Print］ Postscriptファイルを印刷します。
[Console］ Jmol Script Console ウィンドウを開きます。
［Script Editor］ Script Editor ウィンドウを開きます。
［Close］ ウィンドウを閉じます。
［Exit］ Jmolを終了します。

［Edit］

［Paste］  
［Copy Image］ 画像をコピーします。
［Preference］ 設定ウィンドウを開きます。

［Display］

［Select］  
　/［All］ すべての原子を選択します。
　/［None］ 選択を解除します。
　/［Hydrogen］ 水素原子を選択します。
　/［Carbon］ 炭素原子を選択します。
　/［Nitrogen］ 窒素原子を選択します。
　/［Oxygen］ 酸素原子を選択します。
　/［Phosphorus］ リン原子を選択します。
　/［Sulfur］ 硫黄原子を選択します。
　/［Amino］ アミノ基を選択します。
　/[Nucleic］ 核酸基を選択します。
　/［Hetero］ ヘテロ基を選択します。
　/［Water］ 水分子を選択します。
［Atom］  
　/［None］ 表示しません。
　/［15% vander Waals］ vander Waals半径の15%の大きさで表示します。
　/［20% vander Waals］ vander Waals半径の20%の大きさで表示します。
　/［25% vander Waals］ vander Waals半径の25%の大きさで表示します。
　/［100% vander Waals］ vander Waals半径の100%の大きさで表示します。
［Bond］  
　/［None］ 表示しません。
　/［Wireframe］ Wireframeで表示します。
　/［0.10 A］ 結合の太さを0.1 Aとして表示します。
　/［0.15 A］ 結合の太さを0.15 Aとして表示します。
　/［0.2 A］ 結合の太さを0.2 Aとして表示します。
［Label］  
　/［None］ ラベルを表示しません。
　/［Symbol］ 元素記号を表示します。
　/[Name］ 原子の名前（ラベル）を表示します。
　/［Number］ 番号を表示します。
　/［Centered］ 原子の中心に表示します。
　/［Upper right］ 原子の右肩に表示します。
［Vector］  
　/［None］  
　/［On］ ベクトルを表示します。
　/[3 Pixels］ ベクトルの太さを3ピクセルにして表示します。
　/［0.05 A］ ベクトルの太さを0.05 Aにして表示します。
　/［0.1 A］ ベクトルの太さを0.1 Aにして表示します。
　/［Scale 0.2］ ベクトルの長さを0.2倍して表示します。
　/［Scale 0.5］ ベクトルの長さを０．５倍して表示します。
　/［Scale 1］ ベクトルの長さを等倍で表示します。
　/［Scale 2］ ベクトルの長さを2倍して表示します。
　/［Scale 5］ ベクトルの長さを5倍して表示します。
［Zoom］  
　/［100 %］ 等倍で表示します。
　/［150 %］ 150 % 拡大して表示します。
　/［200 %］ 200 % 拡大して表示します。
　/［400 %］ 400 % 拡大して表示します。
　/［800 %］ 800 % 拡大して表示します。
［Perspective Depth］ 遠近法で表示します。
［Axes］ 座標軸を表示します。
［Bounding Box］ 分子を囲む箱を表示します。
［Hydrogens］ 水素を表示します。
［Vectors］  
［Measurements] 距離などの値を表示します。
［Resize] ウィンドウのサイズを変更します。

［View］

［Front］ 構造を前から見る位置に置きます。
［Top］ 構造を上から見る位置に置きます。
［Bottom］ 構造を下から見る位置に置きます。
［Right］ 構造を右から見る位置に置きます。
［Left］ 構造を左から見る位置に置きます。
［Transform］  
［Define Center］  

［Tools］

［Measurements」 距離と角度の表を表示します。
［Distance Units]
　/［Nanometers] 距離の単位を nm にします。
　/［Angstrom] 距離の単位を Å にします。
　/［Pocometers] 距離の単位を pm にします。
[Animate]  
　/［Once] アニメーションを一度実行します。
　/［Loop] 最後のフレームの次は最初のフレームに戻ってアニメーションを繰り返します。
　/［Palindrome] アニメーションを往復で繰り返します。
　/［Stop Animation] アニメーションを停止します。
　/Open ［Rewind to First Frame］ 最初のフレームまで巻き戻します。
　/Open［Go to Previous Frame］ 一つ前のフレームに移動します。
　/Open［Go to Next Frame］ 次のフレームに移動します。
　/Open［Go to Last Frame］ 最後のフレームに移動します。
　/［Ａｌｌ Frames］ すべてのフレームを同時に表示します。
[Vibrate]  
　/［Start Vibration] 振動のアニメーションを実行します。
　/［Stop Vibration] 振動のアニメーションを停止します。
　/［First Frequency] 最初の振動のアニメーションを表示します。
　/［Previous Frequency] 一つ前の振動のアニメーションを表示します。
　/［Next Frequency] 次の振動のアニメーションを表示します。
［Atom Set Chooser］ ベクトル表示やアニメーションの設定をまとめてスライダーなどで簡単に行うことができるウィンドウを表示します。
［Surface Tool］ 面の表示設定をまとめて行うことができるウィンドウを表示します。

［Macro］

［Help］

［About Jmol］ クレジットを表示します。
［User Guide］ 利用の手引きを表示します。
［What's New］ バージョンごとの相違（追加された機能など）を表示します。
［Jmol Java Console］ Javaのコンソールウィンドウを開きます。

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