スタンドアローン版Jmolのメニューバーの説明

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［ツールボタン］

Open ［ファイルを開く］ ファイルからデータを読込みます。
Open ［現在のビューを画像として保存e］ JPEGなどの形式で保存します。
Open ［Web ページとして書き出し］ Jmol Webpage Maker を起動します。
Open ［POV-Rayでレンダリング］ POV-Rayを利用して高精細画像を出力します。
Open ［現在の状態を書き出しt］ 現在の状態をJmol Scriptとして保存します。
Open ［表示内容を印刷］ 印刷します。
Open ［分子を回転させる］ 分子を回転させます。
Open ［SHIFTキーを押しながらドラッグして範囲内の複数の原子を選択する］ 原子や領域を選択します。
Open ［原子をクリックして距離を求める］ 距離や角度の表を表示します。
Open ［分子の位置を原点に戻す］ 分子を最初の位置に戻します。
Open ［最初のフレームへ］ 最初のフレームまで巻き戻します。
Open ［前のフレームへ］ 一つ前のフレームに移動します。
Open ［次のフレームへe］ 次のフレームに移動します。
Open ［最後のフレームへ］ 最後のフレームに移動します。

［ファイル］

［新規］ 新規ウィンドウを開きます。
［開く］ ファイルからデータを読込みます。
［URLを開く］ URLを指定して、ネットワーク上のファイルからデータを読込みます。
［PDBファイルを取得］ PDB IDを指定して、データを取得して読込みます。
［MOLファイルを取得］ 分子の名前または識別子（SMILES、InChI、CAS）を指定して、データを取得して読込みます。
［最近使ったファイル...］ 最近開いたファイルの一覧を表示します。
［再読み込み］ 開いているファイルを再度読み込みます。
［エクスポート］ 24ビットのカラー・イメージを出力することができます。
　/［画像として書き出し］ JPEGなどの形式で保存します。
　/［Web ページとして書き出し］ Jmol Webpage Maker を起動します。
　/［POV-Rayでレンダリング］ POV-Rayを利用して高精細画像を出力します。（POV-Rayがインストールされている必要があります。）
　/［状態を書き出し］ 現在の状態を.sptファイルとして保存します。
　/［Gaussian］ Gaussianプログラムの入力用データを作成して保存します。
［印刷］ Postscriptファイルを印刷します。
[コンソール］ Jmol Script Console ウィンドウを開きます。
［スクリプトエディター］ Script Editor ウィンドウを開きます。
［閉じる］ ウィンドウを閉じます。
［終了］ Jmolを終了します。

［編集］

［貼り付け］  
［画像をコピー］ 画像をコピーします。
［環境設定］ 設定ウィンドウを開きます。

［表示］

［選択］  
　/［すべて］ すべての原子を選択します。
　/[なし］ 選択を解除します。
　/［水素］ 水素原子を選択します。
　/［炭素］ 炭素原子を選択します。
　/［窒素］ 窒素原子を選択します。
　/［酸素］ 酸素原子を選択します。
　/［リン］ リン原子を選択します。
　/［硫黄］ 硫黄原子を選択します。
　/［アミノ酸］ アミノ基を選択します。
　/[核酸］ 核酸基を選択します。
　/［ヘテロ］ ヘテロ基を選択します。
　/［水］ 水分子を選択します。
［原子］  
　/［なし］ 表示しません。
　/［vander Waals半径の15%］ vander Waals半径の15%の大きさで表示します。
　/［vander Waals半径の20%］ vander Waals半径の20%の大きさで表示します。
　/［vander Waals半径の25%］ vander Waals半径の25%の大きさで表示します。
　/［vander Waals半径の100%］ vander Waals半径の100%の大きさで表示します。
［結合］  
　/［なし］ 表示しません。
　/［ワイヤフレーム］ Wireframeで表示します。
　/［0.10 A］ 結合の太さを0.1 Aとして表示します。
　/［0.15 A］ 結合の太さを0.15 Aとして表示します。
　/［0.2 A］ 結合の太さを0.2 Aとして表示します。
［ラベル］  
　/［なし］ ラベルを表示しません。
　/［元素記号］ 元素記号を表示します。
　/[名前］ 原子の名前（ラベル）を表示します。
　/［番号］ 番号を表示します。
　/［中心に］ 原子の中心に表示します。
　/［右肩］ 原子の右肩に表示します。
［ベクトル］  
　/［なし］  
　/［表示］ ベクトルを表示します。
　/[3 ピクセル］ ベクトルの太さを3ピクセルにして表示します。
　/［0.05 A］ ベクトルの太さを0.05 Aにして表示します。
　/［0.1 A］ ベクトルの太さを0.1 Aにして表示します。
　/［スケール 0.2］ ベクトルの長さを0.2倍して表示します。
　/［スケール 0.5］ ベクトルの長さを０．５倍して表示します。
　/［スケール 1］ ベクトルの長さを等倍で表示します。
　/［スケール 2］ ベクトルの長さを2倍して表示します。
　/［スケール 5］ ベクトルの長さを5倍して表示します。
［ズーム］  
　/［100 %］ 等倍で表示します。
　/［150 %］ 150 % 拡大して表示します。
　/［200 %］ 200 % 拡大して表示します。
　/［400 %］ 400 % 拡大して表示します。
　/［800 %］ 800 % 拡大して表示します。
［視点の深度］ 遠近法で表示します。
［座標軸］ 座標軸を表示します。
［バウンディングボックス］ 分子を囲む箱を表示します。
［水素］ 水素を表示します。
［ベクトル］  
［計測] 距離などの値を表示します。
［リサイズ] ウィンドウのサイズを変更します。

［ビュー］

［前］ 構造を前から見る位置に置きます。
［上］ 構造を上から見る位置に置きます。
［下］ 構造を下から見る位置に置きます。
［右］ 構造を右から見る位置に置きます。
［左］ 構造を左から見る位置に置きます。
［変換］  
［中心を定義］  

［ツール］

［計測」 距離と角度の表を表示します。
［長さの単位]
　/［ナノメータ] 距離の単位を nm にします。
　/［オングストローム] 距離の単位を Å にします。
　/［ピコメータ] 距離の単位を pm にします。
[アニメーション]  
　/［一度] アニメーションを一度実行します。
　/［ループ] 最後のフレームの次は最初のフレームに戻ってアニメーションを繰り返します。
　/［往復繰り返し] アニメーションを往復で繰り返します。
　/［停止] アニメーションを停止します。
　/Open ［最初のフレームへ］ 最初のフレームまで巻き戻します。
　/Open［一つ前のフレームへ］ 一つ前のフレームに移動します。
　/Open［次のフレームへ］ 次のフレームに移動します。
　/Open［最後のフレームへ］ 最後のフレームに移動します。
　/［Ａｌｌ Frames］ すべてのフレームを同時に表示します。
[振動]  
　/［振動を開始] 振動のアニメーションを実行します。
　/［振動を停止] 振動のアニメーションを停止します。
　/［最初の振動数] 最初の振動のアニメーションを表示します。
　/［前の振動数] 一つ前の振動のアニメーションを表示します。
　/［次の振動数] 次の振動のアニメーションを表示します。
［原子セットセレクター］ ベクトル表示やアニメーションの設定をまとめてスライダーなどで簡単に行うことができるウィンドウを表示します。
［表面ツール］ 面の表示設定をまとめて行うことができるウィンドウを表示します。

［マクロ］

［ヘルプ］

［Jmolについて］ クレジットを表示します。
［ユーザーガイド］ 利用の手引きを表示します。
［新着情報］ バージョンごとの相違（追加された機能など）を表示します。
［Jmol Java コンソール］ Javaのコンソールウィンドウを開きます。

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