AvogadroのInsert機能を利用して分子構造を得る

Avogadroに内蔵されているデータを利用することができます。

1. メニューから、[Build] - [Insert] -[Fragment]を選択します。
2. 化合物を選択し、ダブルクリックするかまたは [Insert]ボタンをクリックします。

3. Filter欄に、骨格の最初の部分を入力して候補を絞ることができます。。

4. 指定したフラグメントの構造が読み込まれます。

4. 選択を解除します。（Ctrl + Shift + A キーを押すか、[Selection Tool]モードで、分子以外の場所を右クリックします。）

フラグメントは何度でも追加することができます。原子などを選択した状態でフラグメントを追加すると、その位置にフラグメントが結合されます。

フラグメントを追加して構造を拡張する例　−　ベンゼンからビフェニル

ベンゼンの構造にさらにベンゼン（フェニル基）を追加し、ビフェニルを作成する例を示します。

1. メニューから、[Build] - [Insert] -[Fragment] を選択します。
2. [Aromatics]から[Benzene] を選択し、ダブルクリックするかまたは [Insert]ボタンをクリックします。
3. 選択を解除します。（Ctrl + Shift + A キーを押すか、[Selection Tool]モードで、分子以外の場所を右クリックします。）
4. 水素原子を選択します。（[Selection Tool]モードで水素原子をクリックします。）
5. メニューから、[Build] - [Insert] -[Fragment] を選択します。
6. [Aromatics]から[Benzene] を選択し、ダブルクリックするかまたは [Insert]ボタンをクリックします。
7. ビフェニルの構造が作成されました。

8. 選択を解除します。（Ctrl + Shift + A キーを押すか、[Selection Tool]モードで、分子以外の場所を右クリックします。）

SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) 記法で分子構造を入力することができます。

1. メニューから、[Build] - [Insert] -[SMILES] を選択します。
2. SMILES記法で分子構造を入力し、[OK]をクリックします。

3. Vanilineの構造を得ることができました。

SMILES文字列は Wikipedia のページの識別情報の欄にも記載されています。

Webで提供されている PubChem Sketcher などの化学構造式エディターで二次元構造を作成し、 SMILES文字列をコピーすることもできます。