Avogadroに関する情報
Avogadro
を利用して分子軌道法計算を行う人のための解説を掲載しています。
Avogadroについて
Avogadroの特徴と概要
Avogadroの入手とインストール
Avogadroのマニュアル
オンラインマニュアル
https://avogadro.cc/docs/
PDF
https://dasher.wustl.edu/chem430/software/avogadro/learning-avogadro.pdf
Avogadroの使い方
Avogadroの画面構成
AvogadroのToolsのモードと操作
Avogadroのメニュー
Avogadroでの分子モデル作成時の操作
Avogadroでの分子モデル作成時の表示に関する操作
Avogadroのショートカット・キー
Avogadroでの分子構造の作成
Draw Toolを利用して分子構造を作成する
Open - Fileメニューから分子データファイルを読み込む
Import - Molecule Fileメニューから分子データファイルを読み込む
Insert Fragment機能を利用してAvogadroに内蔵された分子構造を得る
Avogadroの便利な機能を利用してインターネットから分子構造を得る
化合物名を入力して分子構造を得る
(Fecth by chemical name)
PDB IDを入力してタンパク質の構造を得る
(Fecth from PDB)
URLを指定して分子構造を得る
(Fecth from URL)
SMILES記法で入力する
Avogadroでの分子構造の作成例
Avogadroでの分子構造の作成例
AvogadroでのMOPAC入力データの作成
MOPAC入力データの作成
AvogadroでのMOPACによる計算結果の読み込み
MOPAC出力データの読み込み
2016 Copyright by Hiroshi Kihara