Avogadroによる分子構造の作成

• Draw Tool を選択します。
• Display TypesでLabel がチェックされていることを確認してください。
• Element として Carbon (6) が選択されていて、Adjust Hydrogens がチェックされていることを確認してください。

2-メチルプロパンの構造の作成

1. 分子表示ウィンドウ内でクリックします。
2. メタンの構造ができました。次に、水素原子(H1)をクリックします。

3. 単結合の炭素が追加され、エタンの構造ができました。さらに、水素原子(H5)をクリックします。

4. プロパンの構造ができました。続いて、C2に付いた水素原子(H5)をクリックします。

5. 2-メチルプロパン（イソブタン）の構造ができました。

その都度元素の種類を変更する

1. エタンの構造を作成します。

4. Element のプルダウンメニューから Oxygen (8) を選択します。または、キーボードのOキーを押します。

5. C2 に結合している水素(H5)をクリックします。
6. エタノール（エチルアルコール）の構造ができました。

炭素骨格を作成し、後で必要に応じて元素の種類を変更する

1. メニューから、[Build] - [Insert] -[Fragment]を選択します。
2. Alkane から Propane を選択し、ダブルクリックするかまたは [Insert]ボタンをクリックします。

3. Element のプルダウンメニューから Oxygen (8) を選択します。または、キーボードのOキーを押します。

4. 炭素原子をクリックします。

5. エタノール（エチルアルコール）の構造ができました。

骨格をまず作成し、後で必要に応じて結合の種類を変更する

1. メニューから、[File] - [Import] -[Fetch by chemical name]を選択します。
2. ここでは、butaneと入力し、[OK]をクリックします。

3. ブタンの構造が得られました。

4. C1-C2結合とC3-C4結合をクリックします。または、Bond Order の欄で Double を選択し、 マウスカーソルをドラッグして、C1-C2結合とC3-C4の結合をなぞります。
5. ブタジエンの構造ができました。

その都度結合の種類を変更する

1. 分子表示ウィンドウ内でクリックし、メタンの構造を作成します。

2. Bond Order の欄で Double を選択します。
3. 炭素原子をクリックし、マウス・カーソルを矢印の方向にドラッグして二重結合を作成します。

4. Bond Order の欄で Single を選択します。
5. 炭素原子(C2)をクリックし、マウス・カーソルを矢印の方向にドラッグして単結合を作成します。

6. Bond Order の欄で Double を選択します。
7. 炭素原子(C3)をクリックし、マウス・カーソルを矢印の方向にドラッグして二重結合を作成します。

8. ブタジエンンの構造ができました。
9. メニューから、[Extensions] - [Optimize Geometry] を選択して、構造最適化を行います。