| 原子の追加 | クリック | |
| 原子の追加と結合の生成 | 原子をクリックしたままドラッグ | |
| 原子の削除 | 右クリック, Ctrl + クリック |
| 結合の生成 | 原子をクリックしたまま他の原子へドラッグ | |
| 結合次数を増やす | 結合をクリック | |
| 結合の削除 | 結合を右クリック, Ctrl + クリック | |
| 結合を選択 | 結合をクリック |
| 原子の削除 | 右クリック, Ctrl + クリック | |
| 結合の削除 | 結合を右クリック, Ctrl + クリック | |
| (選択されている場合)その部分を削除 | Backspace | |
| すべて削除 | Ctrl + Backspace | |
| すべて削除 | Backspace |
| 結合距離を変更 | 結合を選択した後、原子を右クリックしたままドラッグ | |
| 原子の移動 | 原子をクリックしたままドラッグ |
| 操作面を指定する | 結合をクリックしたのちドラッグ | |
| 結合の片側全体を回転する(二面角の変更) | 結合を選択した後、原子をクリックしたままドラッグ | |
| 選択した原子以下を回転する(二面角の変更) | 結合を選択した後、原子を右クリックしたままドラッグ |
| 原子を選択する | 原子をクリック | |
| 結合を選択する | 結合をクリック | |
| 複数の原子を選択する | 矩形範囲をドラッグする | |
| 追加選択 | Shift + クリック | |
| 選択/選択の解除(トグル) | Ctrl + クリック | |
| すべてを選択 | Ctrl + A | |
| すべての選択を解除 | 原子以外の場所を右クリック | |
| すべての選択を解除 | Ctrl + Shift + A |
| 取り消し | Ctrl + Z | |
| やり直し | Ctrl + Y |