MolViewのメニュー
MolView ｜ Tools ｜ Model ｜ Protein ｜ Jmol
MolView
LAYOUT
| 3D |
3Dモデルのみを表示する |
| 2D/3D |
2D（構造式）と3Dモデルを上下に配置して表示する |
| 2D 3D |
2D（構造式）と3Dモデルを左右に配置して表示する |
| 2D |
2D（構造式）のみを表示する |
THEME
通常は自動的に選択されるので意識する必要はありません
INFORMATION
| Help |
Helpを表示する |
| About |
About画面を表示する |
LINK
| Embed |
URLとHTMLコードを利用して分子モデルを共有することができます |
EXPORT
CHEMICAL DATA
ADVANCE SEARCH
| Similarity |
順にクリックした2原子間の距離を表示する |
| Substructure |
順にクリックした3原子のなす角度を表示する |
| Superstructure |
クリックした4原子で規定される二面角の値を表示する |
Model
REPRESENTATION
| Ball and stick |
球棒モデルで表示する |
| Stick |
棒モデルで表示する |
| van der Waals Spheres |
空間充填モデルで表示する |
| Wireframe |
針金モデルで表示する |
| Line |
線金モデルで表示する |
BACKGROUND
| Black |
背景色を黒にする |
| Gray |
背景色を灰色にする |
| White |
背景色を白にする |
ENGINE
| GLmol |
GLmolを利用してレンダリングを行う（デフォルト） |
| Jmol |
Jmolを利用してレンダリングを行う |
| ChemDoodle |
ChemDoodleを利用してレンダリングを行う |
※ Jmolメニューの機能を利用する時はJmolに切り替わります。高分子ではGLmolが利用され、結晶構造ではChemDoodleが使われます
CRYSTALLOGRAPHY
| Load unit cell |
単位格子を表示する |
| Load 2x2x2 supercell |
2x2x2 スーパーセルを表示する |
| Load 1x3x3 supercell |
1x3x3 スーパーセルを表示する |
Protein
| Show bio assembly |
Jmolでの高画質のレンダリングを指定する |
CHAIN PRESENTATION
| Ribbon |
リボン表示（デフォルト） |
| Cylinder and plate |
αヘリックスをシリンダー、βシートをプレ―トで表示する |
| B-factor tube |
温度因子B-factorに基づく管の厚みで表示する |
| C-alpha trace |
アミノ酸の中心炭素を線で結ぶ |
| Bonds |
結合を表示する |
CHAIN COLOR SCHEME
| Secondary structure |
αヘリックス、βシートなどの二次構造を異なる色で表示する |
| Spectrum |
色相を変えて表示する（虹色） |
| Chain |
鎖ごとに異なる色で表示する |
| Residue |
アミノ酸残基ごとに異なる色で表示する |
| Polarity |
極性のアミノ酸を赤で、非極性のアミノ酸を白で表示する |
| B-factor |
B-factorが低い部分を青で、高い部分を赤で表示する |
Jmol
| High Quality |
高画質のレンダリングを指定する |
| Clean |
CALCULATIONSやMEASUREMENTによる表示を消去する |
CALCULATIONS
| MEP surface lucent |
分子静電ポテンシャル面を半透明で表示する |
| MEP surface opaque |
分子静電ポテンシャル面を不透明で表示する |
| Charge |
各原子の電荷を表示する |
| Bond dipoles |
結合双極子の値を表示する |
| Overall dipole |
全体の双極子モーメントの値を表示する |
| Energy minimization |
構造最適化を行う |
MEASUREMENT
| Distance |
順にクリックした2原子間の距離を表示する |
| Angle |
順にクリックした3原子のなす角度を表示する |
| Torsion |
クリックした4原子で規定される二面角の値を表示する |
