[新規] | 画面を初期化します。 |
[開く] | ファイルから分子のデータを読込みます。下記の形式のファイルを読み込むことができます。 |
MOPAC (*.dat, *.mop) | |
GAMESS (*.inp, *.gms) | |
CNDO/S (*.cndt) | |
Gaussian (*.gjf, *.com) | |
Q-Chem (*.in) | |
PDB (*.pdbt, *.ent) | |
car (*.car) | |
MDL mol (*.mol, *.sdf, *.mdl) | |
Tripos mol2 (*.mol2) | |
MOLDA (*.mld, *.gld) | |
Biograph (*.bgf) | |
CIF (*.cif) | |
XYZ (*.xyz) | |
Turbomole (*.txy) | |
MOSF (*.mos) | |
MOPAC arc (*.arc) | |
Nanobox cfg (*.cfg, *.frg*) | |
out (*.out*) | |
Cube (*.cub*) | |
GAMESS MD (*.trj) | |
Winmostar Parts (*wmy) | |
[Import] | 計算結果ファイルから構造や特性値を読み込みます。計算メニューにあるものと同じです。 |
/[Mopac] | MO (mgf, gpt) |
/[GAMESS] | |
/[Gaussian] | Animation |
[上書き保存] | 編集中の分子のデータを上書き保存します。 |
[名前を付けて保存] | 編集中の分子のデータを別な名前を付けて保存します。下記の形式で書き出すことができます。 |
MOPAC (*.dat, *.mop) | |
GAMESS (*.inp, *.gms) | |
CNDO/S (*.cndt) | |
Gaussian (*.gjf, *.com) | |
Q-Chem (*.in) | |
PDB (*.pdbt, *.ent) | |
CAR (*.car) | |
mol (*.mol, *.mdl) | |
.sdf (*.sdfl) | |
MOLDA (*.mld) | |
Biograph (*.bgf) | |
XYZ (*.xyz) | |
Turbomole、XMol (*.txy) | |
MOSF (*.mos) | |
Nanobox cfg (*.cfg, *.frg*) | |
Winmostar Parts (*wmy) | |
jpeg (*jpg) | |
Bitmap (*.bmp) | |
VRML (*.wrl) | |
[分子の重ね合わせ] | 分子を重ね合わせます。 |
/[追加] | 事前にクリックして指定した3点で決まる平面で分子を重ねます。1点目を原点に置き、2点目をX軸上に置き、3点目をXY平面上に置きます。[追加]によって、Superimpose画面が表示された重ね表示モードになります。 2個目の分子を読込むには、Superimpose画面の[Quit]で終了してから、同様な操作を繰り返します。 |
重ね表示中は分子の編集はできません。Z-shiftで重ね面をずらしたり、Circleで青丸表示することで重ね分子を確認できます。 [Del]は、青丸で表示された分子を削除します。 | |
重ね表示モードを終了すると、通常の一分子表示モードに戻ります。ファイルから分子を読込んだ時も一分子表示モードに戻ります。
重ねる分子を追加する時は、一分子表示モードから追加します。 重ね表示モードの[3D]ボタンで、3D表示の重ね合わせ画面が立ち上がります。 |
|
/[重ね表示] | 一分子表示モードから重ね表示モードに変わります。 |
[エディタ起動] | 表示分子の元のファイルをエディタで開きます。 |
[XYZ形式で保存] | MOPAC形式の保存時にXYZ形式で保存します。 |
[マイプロファイル(P)] | |
/[Load] | 保存してあるプロファイルをロードして適用します。 |
/[Save] | プロファイルを保存します。 |
/[Default] | デフォルトのプロファイルを適用します。 |
[終了] | Winmostarを終了します。 |
分子の編集は、多くの場合、選択原子(太線の赤丸で表示)と前選択原子(細線の赤丸で表示)に対して行う操作が基本になります。選択原子は、分子表示画面上の原子をクリックするか、Z-Matrix表示画面上の行をクリックすることで変更できます。前選択原子とは一つ前の段階の選択原子です。
例えば、原子を削除するには、まず削除したい原子をクリックして選択しておき、プルダウンメニューの編集(E)/原子削除(または[Del]ボタン)で行います。
部分移動・回転・削除は、選択原子に結合している(前選択原子を除く)原子グループをまとめて操作します。部分移動・回転・削除をするために結合を変更したい場合は、[結合付加]と[結合削除]で行えます。
原子追加、原子移動、部分回転等の操作を途中でキャンセルするには、プルダウンメニューのチェックをはずすかEscキーを押します。
[部品置換]は、原子を右クリックすることでも行えます。また、 [原子削除]は、Shiftキー+マウス右クリックで行えます。
[元に戻す] | 分子の編集操作を元に戻します。20回まで可能です。 |
[やり直し] | 元に戻した操作をやり直します。20回まで可能です。 |
[直接編集] | 座標データをエディタで直接編集します。 |
[回転方法] | |
/[自由回転] | ドラッグすると画面内の(マウスカーソルの移動方向に垂直な)軸のまわりで分子が回転します。 |
/[X軸回転] | 上下にドラッグするとX軸のまわりで分子が回転します。 |
/[Y軸回転] | 左右にドラッグするとY軸のまわりで分子が回転します。 |
/[Z軸回転)] | 上下または左右にドラッグするとZ軸のまわりで分子が回転します。 |
[原子追加] F4 | 原子を追加します。[Add]ボタンと同じです。 |
[原子移動] F5 | マウスをドラッグすることにより選択した原子を移動します。 |
[原子削除] Shift+F4 | 選択した原子を削除します。[Del]ボタンと同じです。 |
[元素変更] Shift+F5 | 選択した原子の元素名を変更します。[Chng]ボタンと同じです。 |
[水素付加] | 水素を付加します。 |
/[座標調整] | |
/[全原子] | 全原子に水素を自動的に付加します。 |
/[1原子] | 選択原子に水素を自動的に付加します。 |
/[1原子(H1)] | 選択原子に水素を1個付加します。 |
/[1原子(H2)] | 選択原子に水素を2個付加します。 |
/[1原子(H3)] | 選択原子に水素を3個付加します。 |
[水素削除] | 水素を削除します。 |
[部品置換] F6 | 選択した原子を部品コンボボックスの現在の部品で置換します。。"-CHCH-"と"-CH-"は多環構造を作る為の部品で、前選択原子側に炭素原子が近づく構造になります。 [Rep]ボタンと同じです。原子を右クリックすることでも置換されます |
[部分回転] | 前選択原子と選択原子を通る軸の周りで、選択原子側の原子グループを回転します。2つの選択原子の前に、さらに2つの原子を選択しておくと、回転軸周りの二面角が表示されます。 |
[結合角変更] | 前選択原子を中心に結合角を変更します。選択原子側の原子グループが画面上の平面で回転するので、分子を回転してから行うと、いろいろな変形ができます。 |
[部分移動] | 選択側の原子グループを移動します。 |
[部分削除] | 選択側の原子グループを削除します。 |
[部分自由回転] | 選択側の原子グループを自由回転します。 |
[部分固定・自由] | 選択原子グループの最適化指標を変更します。 |
[部分クリーン] | 選択側の原子グループだけを対象に簡易分子力場法で構造最適化を行います。 |
[変更] | |
/[距離] | 数値を直接入力して、指定した原子間の距離を変更します。 |
/[角度] | 数値を直接入力して、指定した原子間の角度を変更します。 |
/[二面角] | 数値を直接入力して、指定した原子間の二面角を変更します。 |
[結合付加] F7 | 前選択原子と選択原子の間に結合を追加します。 |
[結合削除] F8 | 前選択原子と選択原子の間の結合を削除します。 |
[環構築] F9 | 選択した末端二原子間で環を作ります。多環用部品の"-CHCH-"や"-CH-"を自動的に付加します。 |
[番号交換] | 選択原子と前選択原子の番号を交換します。 |
[原子の並び替え] | 水素原子が後ろに来るように、原子を並び替えます。 |
[部品登録] | 編集中の分子を部品として登録します。結合させる末端原子を選択しておく必要があります。 |
[部品削除] | 現在の部品の登録を削除します。 |
[移動] | 分子を上下左右に移動します。クリックするかEscキーを押すと、移動モードから抜けます。 |
[原点復帰] | 原点を画面の中心に戻します。 |
[重心原点] | 指定すると、常に重心を原点に調整します。 |
[初期配向] | |
/[配向] | 初期配向に戻します。 |
/[再設定] | 現在の配向を初期配向に設定します。 |
/[再設定(3点)] | 事前にクリックして指定した3点で決まる平面を、初期配向に設定します。[重心原点]のチェックがない時は、1点目が原点になります。 |
/[原点設定] | 選択した原子を原点に設定します。[重心原点]にチェックがある時は動作しません。 |
[Z-Matrix] | |
/[原子追加(E)] | 元素ウィンドウの原子を追加します。原子を置きたい所をクリックした後、結合関係を示す3原子をクリックします。 |
/[ダミー原子追加] | ダミー原子を追加します。 |
/[2面角変更] | Z-Matrixの二面角を変更します。 |
/[結合関係変更] | Z-Matrixの結合関係を変更します。 |
/[原子移動(Z-Mat)] | 1原子を移動することで、Z-Matrixの結合関係にある原子も移動します。 |
/[Z-Matrix再生成] | Z-Matrixを再生成します。結合関係も再生成されます。 |
[その他] | |
/[クリーン] | 簡易分子力場法で構造最適化を行います。 |
/[結合再生成] | 全原子の結合を再生成してから再描画します。 |
/[結合関係保持] | チェックされている場合は、分子編集時に結合関係が変わらないようにします。 |
/[XYZ座標保持] | チェックされている場合は、結合関係を変えてもXYZ座標位置が変わらないように結合長・結合角等が自動的に修正されます。 |
/[座標反転] | 座標を反転し、鏡像体に変換します。 |
/[鏡像体生成] | 鏡像体を生成します。 |
/[部分重心] | 部分重心を求めた位置にダミー原子を置きます。 |
FacioやPovrayなどのプログラムは、それぞれのホームページからダウンロードしてインストールする必要があります。
[最大化] | ウィンドウを最大化します。もう一度選択すると元に戻ります。 |
[全表示] | 分子表示画面のみをウィンドウ全体に広げます。もう一度選択すると元に戻ります。 |
[標準色] | 配色を、Winmostar、GaussView、JMol、Rasmol、旧Winmostarモードから選択します。 |
[色変更] | |
/[原子] | 選択している原子種の色を変更します。 |
/[背景] | 背景の色を変更します。 |
/[結合] | 結合の色を変更します。 |
/[文字] | 分子表示画面の文字の色を変更します。 |
[双極子モーメント] | |
/[表示] | MOPACの計算結果から双極子モーメントを表示します。 |
/[スケール] | 矢印の長さのスケールを設定します。 |
[表示選択] | 表示のオン・オフを設定します。 |
/[メッシュ] | グリッドを表示します。 |
/[スライダー] | ズーム・スライダーを表示します。 |
/[番号(電荷)] | 番号と元素名を表示します。 |
/[全原子] | ダミー原子等も表示します。 |
/[分子情報] | 分子に関する情報をウィンドウ内に表示します。 |
/[選択原子マーカー] | 選択原子を赤丸のマークで表示します。 |
/[座標軸] | 座標軸を表示します。 |
/[多重結合] | 多重結合を表示します。 |
/[バックボーン] | バックボーンを表示します。 |
[棒球表示] | 棒球モデルの表示形式を選択します。 |
/[Slim] | 小さな球と細い棒で棒球モデルを表示します。 |
/[Default] | 標準の棒球モデルで表示します。 |
[拡大・縮小] | 拡大または縮小表示します。 |
[空間充填モデル] | 空間充填モデルを表示します。 |
[遠近法] | 遠近法を使って表示します。 |
[3D] | 別ウィンドウで3D表示します。 |
[Jmol スタート(J)] | Jmolを起動します。 |
[Download Jmol] | Jmolのダウンロードページを表示します。 |
[VRML] | VRMLで表示します。(VRMLビューワがインストールされている必要があります) |
[SIM VRMLview] | SIM社のVRMLビューワのダウンロードページを表示します。 |
[Cosmo Player] | Cosmo Playerのダウンロードページを表示します。 |
[Facio] | Facioを起動します。 |
[Facio Homepage] | Facioのダウンロードページを表示します。 |
[Mercury] | Mercuryを起動します。読込み中のファイルの拡張子がCIFの時はCIFファイルを読込みます。 |
[CCDC(Mercury)HP] | ケンブリッジ結晶データセンターのMercuryのダウンロードページを表示します。 |
[ChemscapeChime] | MDL Chimeがインストールされている場合、新しいウィンドウでMDL Chimeを起動します。 |
[Chimeマニュアルページ] | MDL Chimeのマニュアルページを表示します。 |
[Chimeダウンロードページ] | MDL Chimeのダウンロードページを表示します。 |
[光線追跡法(Povray)] | PovRayがインストールされている場合、レイトレーシング法で表示します。 |
[Povrayのパラメータ] | PovRayのパラメータ(ウィンドウサイズ)を指定します。 |
[Povrayのホームページ] | PovRayのダウンロードページを表示します。 |
[画像固定] | ウィンドウ右上の画像が切り変わらないようにします。 |
[クリップボードに貼り付け] | Winmostarの分子表示ウィンドウをクリップボードに貼り付けます。 |
Winmostarに添付して配布されている分子軌道法計算プログラムはMOPAC6、MOPAC7とCNDO/Sです。他のプログラムは、それぞれのホームページからダウンロードしたり登録したりすることが必要になります。
MOPAC 2012 : OpenMopacのページ
GAMESS : WinGAMESSとPC GAMESSに対応しています。
MOLEKEL: スイスの国立高速計算センターで開発された可視化ソフトウェア
MOSF V1: 現在入手不可 MOSF V4.2 : WinMOPAC 3に付属
[MOPACキーワード] | |
/[Setup] | MOPACのキーワードを設定するウィンドウを表示します。 |
/[Import] | 保存済みのMOPAC形式データから、キーワード部分をインポートします。 |
/[Run with JM] | Winmostarでは利用できません。 |
[(1)MOPAC6W70 start] | 現在の分子構造・キーワードでMOPAC6入力ファイルを生成し計算を実行します。計算後は自動的に「パスの設定」−「エディター」で指定したエディタで出力ファイルが開かれます。 |
[(2)MOPAC7W70 start] | MOPAC7入力ファイルを生成し計算を実行します。または、[パスの設定] − [(2)MOPACのパス]で指定したプログラムを起動します。 |
[(3)MOPACxxxx start] | [パスの設定] − [(3)MOPACのパス]で指定したプログラムを起動します。 |
[エディット out] | MOPACの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。 |
[エディット arc] | MOPACの出力要約ファイル(.arc)を指定エディタで開きます。 |
[分子軌道表示] | 計算でグラフィック用出力を指定したとき(キーワードgraphf)、その出力を読み込んで分子軌道を表示します。3D表示も可能です。 |
[Import] | |
/[Charge, Dipole (arc)] | arcファイルをを読み込んで、電荷や双極子モーメントを表示します。 |
/[Animation (arc)] | arcファイルをを読み込んで、構造表示やアニメーション連表示を行います。 |
/[IRC, STEP (out)] | IRC計算の構造出力を読み込んで、連続表示を行います。 |
/[Force (out)] | 振動解析結果を読み込んで、赤外線吸収スペクトルと振動の表示を行います。 |
[FMO] | |
/[PDB Edit] | PDB Editorを起動します。 |
/[FMOutil] | FMO Utilityを起動します。 |
[GAMESSキーワード] | キーワード欄をGAMESS用パラメータに差し替えます。 |
/[Setup] | GAMESSのキーワードを設定するウィンドウを表示します。 |
/[Import] | 保存済みのGAMESS形式データから、キーワード部分をインポートします。 |
/[NCPUS] | 計算に使用するCPU(コア)の数を指定します。 |
/[NODES(PC-Gamess)] | 並列計算に使用するフォルダの名前を指定します。 例 d:\node1 d:\node2 d:\node3 d:\node4 |
[Start GAMESS] | 現在の分子構造・キーワードでGAMESS入力ファイルを生成し計算を実行します。 外部基底関数ファイルを使用するには($BASIS EXTFIL=.T.)、basis.libをGAMESSのEXEファイルと同じディレクトリに置きます。WinGAMESSの場合は、runscript.cshの中で、setenv EXTBAS ../basis.libと指定します。 |
[Start GAMESS(2)] | [パスの設定] − [(2)GAMESSのパス]で指定したプログラムを起動します。 |
[Edit out(log)] | GAMESSの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。 |
[Import] | |
/[Animation] | GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。 |
/[MO, UV, Charge, Dipole, NMR ] | GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、構造、分子軌道、NMRスペクトルなどを表示します。3D表示も可能です。 基底関数に関する制限はなくなりました。(V.3.802以降) |
/[Hessian, Raman] | 振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトル表示と振動の表示を行います。 |
[GAMESSのホームページ] | |
[Gaussianキーワード] | |
/[Setup] | Gaussianのパラメータを設定するウィンドウを表示します。 |
/[Import] | 保存済みのGaussian形式データから、パラメータ部分をインポートします。 |
[G09 Start] | 現在の分子構造・キーワードでGaussian入力ファイルを生成し計算を実行します。 |
[Edit log(out)] | Gaussianの出力ファイルを指定エディタで開きます。 |
[Import] | |
/[Animation] | Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。 |
/[Anim_Opt (IRC, modred)] | Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化構造を表示します。 |
/[MO, UV, Charge, Dipole, NMR] | Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、構造、分子軌道、NMRスペクトルなどを表示します。3D表示も可能です。 基底関数に関する制限はなくなりました。キーワードに"gfprint"と"pop=full"が必要です。 (V.3.802以降) |
/[Freq] | 振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトルの表示と振動の表示を行います。 |
[FormChk] | G03WユーティリティのFormchkを起動し、.chkファイルから書式付の.fchファイルを作成し、表示します。 |
[Import Fchk(CubeGen)] | G03WユーティリティのCubegenを起動し、.fchファイルを読込んでCubeファイルを作成します。 |
[Import Cube] | Cube形式ファイルを読込んで表示します。3D表示も可能です。GAMESSのpunファイルの場合は、Cubeファイルに変換します。 |
[UNUX Server] | rsh ,ftpによるLinux(UNIX)マシンのリモートジョブ制御を行います。Gaussianの実行・制御が可能で、LSFにも対応しています。(Winmostarでは利用できません。) |
[CNDO/S キーワード] | |
/[Setup] | CNDO/S用パラメータを設定します。 |
/[Import] | CNDO/S形式ファイルを読み込んで、キーワード部分をインポートします。 |
[CNDO/Sスタート] | CNDO/S計算を実行します。 |
日本コンピュータ化学会に登録されている旧JCPEの P083(CNDO/S:紫外・可視吸収スペクトル計算)( マニュアル)です。 二つのプログラムを一つにして、Winmostarから起動できるように修正を行い、Cygwinのg77でコンパイルしてcndosw.exeを作成しました。 ソースプログラム(cndosw.f)もWinmostarのインストールディレクトリに同梱されています。 | |
[UV-VISスペクトル表示] | CNDO/S計算結果から紫外・可視スペクトルと分子軌道を表示します。 |
[Edit CNDO/S OutFile] | CNDO/S出力ファイルをエディタで開きます。 |
[MOSF] | |
/[MOSFパラメータをセット] | キーワード欄をMOSF用パラメータに差し替えます。 |
/[MOSFスタート] | MOSF計算を実行します。 |
/[UV-VISスペクトル] | MOSF出力から紫外・可視スペクトルを表示します。 |
/[エディット MOSF ファイル] | MOSF 出力ファイルを指定エディタで開きます。 |
[PIO] | |
/ with Gaussian | GaussianによるPIO (paired interacting orbitals) analysis計算 の設定と実行を行います。 |
/ with GAMESS | GAMESSによるPIO (paired interacting orbitals) analysis計算 の設定と実行を行います。 |
[分子表面積・体積] | 分子の体積や表面積を計算します。この計算は函館高専の長尾 輝夫氏のプログラムを使用しています。 参考文献)長尾 輝夫「分子表面積及び体積計算プログラムの改良」,函館工業高等専門学校紀要 (Hakodate Kogyo Koto Senmon Gakko Kiyo),第27号, p111-120,1993 (1)VAN DER WAALS MOLECULAR SURFACE(VMS): 原子をVan del Walls半径の球に置き換えた表面 (2)ACCESSIBLE MOLECULAR SURFACE: VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった溶媒分子の中心の面 (3)MOLECULAR SURFACE: VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった接触表面と凹角表面 SOLVENT-EXCLUDED SURFACE、または、Connolly SURFACEとも呼ばれます。 ・OVALITYの計算は千田が追加しました。 OVALITY: 分子表面積/最小表面積。本来は(3)のMOLECULAR SURFACEを使うようです。 最小表面積とは、分子体積が等しい真球の表面積:4π(3V/4π)**(2/3) |
[アスペクト比] | アスペクト比を計算します。アスペクト比は、分子が内接する最小直径の円筒の長さ(L)と 直径(D)の比(L/D)で定義されます。 |
[検索] | 参照ファイル内をキーワード検索し、該当した行をExcelまたはテキストファイルに出力します。 |
[ Job Manager] | Winmostarでは利用できません。 |
[連続実行] | GaussianとGAMESSの複数ジョブの計算を連続的に実行するためのbatファイルを作成・実行するものです。 まず、普通にGaussianやGAMESSを実行することで1分子実行batができます。実行時にエラーが出ないことを確認してから、DOS窓の[×]で終了します。 [その他]/[連続実行]を選択すると、ウィンドウの左側の欄には既に実行したことのある1分子実行batファイルが表示されます。 ファイル名は入力ファイル名.batになっています。batファイルを選択して[=>]を押すと、ウィンドウの右側の欄に追加されます。 [Run]で、設定されたジョブの連続実行が始まります。[Run at]で、指定した時刻に連続実行が始まります。連続実行ジョブは、 winmos_batjob1〜5.batに保存されます。[Load]・[Save]ボタンで読込・保存もできます。 |
[パスの設定] | それぞれのプログラムの実行ファイルのパスを指定します。 |
/[(1)MOPAC] | |
/[(2)MOPAC] | |
/[(3)MOPAC] | |
/[(1)GAMESS] | |
/[(2)GAMESS] | |
/[Gaussian] | |
/[MOSF] | |
/[Jmol] | |
/[Facio] | |
/[Mercury] | |
/[Povray] | |
/[エディタ−] |
[マニュアル] | マニュアルを表示します。 |
[Webマニュアル] | Web上のマニュアルを表示します。 |
[周期表] | 周期表を表示します。 |
[ホームページ] | Winmostarのホームページを開きます。 |
[ご意見、ご感想] | [Winmostar/MOPAC掲示板]に接続します。一言どうぞ。 |
[バージョン情報] | バージョン情報を表示します。 |