Winmostarのメニューの説明

ファイル | 編集 | 表示 | 計算 |  計算2 | その他 | ヘルプ

[ファイル]

[新規] 画面を初期化します。
[開く] ファイルから分子のデータを読込みます。下記の形式のファイルを読み込むことができます。
  MOPAC (*.dat, *.mop)
  GAMESS (*.inp, *.gms)
  CNDO/S (*.cndt)
  Gaussian (*.gjf, *.com)
  Q-Chem (*.in)
  PDB (*.pdbt, *.ent)
  car (*.car)
  MDL mol (*.mol, *.sdf, *.mdl)
  Tripos mol2 (*.mol2)
  MOLDA (*.mld, *.gld)
  Biograph (*.bgf)
  CIF (*.cif)
  XYZ (*.xyz)
  Turbomole (*.txy)
  MOSF (*.mos)
  MOPAC arc (*.arc)
  Nanobox cfg (*.cfg, *.frg*)
  out (*.out*)
  Cube (*.cub*)
  GAMESS MD (*.trj)
  Winmostar Parts (*wmy)
[Import] 計算結果ファイルから構造や特性値を読み込みます。計算メニューにあるものと同じです。
 /[Mopac]

MO (mgf, gpt)
Charge, Dipole (arc)
Animation (arc)
IRC, STEP (out)
Force (out)

 /[GAMESS]

Animation
MO, UV, Charge, Dipole, NMR
Hessian, Raman

 /[Gaussian]

Animation
Anim_Opt (IRC, modred)
MO, UV, Charge, Dipole, NMR
Freq
Fchk(CubeGen)
Cube

[上書き保存] 編集中の分子のデータを上書き保存します。
[名前を付けて保存] 編集中の分子のデータを別な名前を付けて保存します。下記の形式で書き出すことができます。
  MOPAC (*.dat, *.mop)
  GAMESS (*.inp, *.gms)
  CNDO/S (*.cndt)
  Gaussian (*.gjf, *.com)
  Q-Chem (*.in)
  PDB (*.pdbt, *.ent)
  CAR (*.car)
  mol (*.mol, *.mdl)
  .sdf (*.sdfl)
  MOLDA (*.mld)
  Biograph (*.bgf)
  XYZ (*.xyz)
  Turbomole、XMol  (*.txy)
  MOSF (*.mos)
  Nanobox cfg (*.cfg, *.frg*)
  Winmostar Parts (*wmy)
  jpeg (*jpg)
  Bitmap (*.bmp)
  VRML (*.wrl)
[分子の重ね合わせ] 分子を重ね合わせます。
 /[追加] 事前にクリックして指定した3点で決まる平面で分子を重ねます。1点目を原点に置き、2点目をX軸上に置き、3点目をXY平面上に置きます。[追加]によって、Superimpose画面が表示された重ね表示モードになります。
2個目の分子を読込むには、Superimpose画面の[Quit]で終了してから、同様な操作を繰り返します。
重ね表示中は分子の編集はできません。Z-shiftで重ね面をずらしたり、Circleで青丸表示することで重ね分子を確認できます。 [Del]は、青丸で表示された分子を削除します。
重ね表示モードを終了すると、通常の一分子表示モードに戻ります。ファイルから分子を読込んだ時も一分子表示モードに戻ります。 重ねる分子を追加する時は、一分子表示モードから追加します。
重ね表示モードの[3D]ボタンで、3D表示の重ね合わせ画面が立ち上がります。
 /[重ね表示] 一分子表示モードから重ね表示モードに変わります。
[エディタ起動] 表示分子の元のファイルをエディタで開きます。
[XYZ形式で保存] MOPAC形式の保存時にXYZ形式で保存します。
[マイプロファイル(P)]
 /[Load] 保存してあるプロファイルをロードして適用します。
 /[Save] プロファイルを保存します。
 /[Default] デフォルトのプロファイルを適用します。
[終了] Winmostarを終了します。

[編集]

分子の編集は、多くの場合、選択原子(太線の赤丸で表示)と前選択原子(細線の赤丸で表示)に対して行う操作が基本になります。選択原子は、分子表示画面上の原子をクリックするか、Z-Matrix表示画面上の行をクリックすることで変更できます。前選択原子とは一つ前の段階の選択原子です。

例えば、原子を削除するには、まず削除したい原子をクリックして選択しておき、プルダウンメニューの編集(E)/原子削除(または[Del]ボタン)で行います。

部分移動・回転・削除は、選択原子に結合している(前選択原子を除く)原子グループをまとめて操作します。部分移動・回転・削除をするために結合を変更したい場合は、[結合付加]と[結合削除]で行えます。

原子追加、原子移動、部分回転等の操作を途中でキャンセルするには、プルダウンメニューのチェックをはずすかEscキーを押します。

[部品置換]は、原子を右クリックすることでも行えます。また、 [原子削除]は、Shiftキー+マウス右クリックで行えます。

[元に戻す] 分子の編集操作を元に戻します。20回まで可能です。
[やり直し] 元に戻した操作をやり直します。20回まで可能です。
[直接編集] 座標データをエディタで直接編集します。
[回転方法]
 /[自由回転] ドラッグすると画面内の(マウスカーソルの移動方向に垂直な)軸のまわりで分子が回転します。
 /[X軸回転] 上下にドラッグするとX軸のまわりで分子が回転します。
 /[Y軸回転] 左右にドラッグするとY軸のまわりで分子が回転します。
 /[Z軸回転)] 上下または左右にドラッグするとZ軸のまわりで分子が回転します。
[原子追加] F4 原子を追加します。[Add]ボタンと同じです。
[原子移動] F5 マウスをドラッグすることにより選択した原子を移動します。
[原子削除] Shift+F4 選択した原子を削除します。[Del]ボタンと同じです。
[元素変更] Shift+F5 選択した原子の元素名を変更します。[Chng]ボタンと同じです。
[水素付加] 水素を付加します。
 /[座標調整]  
 /[全原子] 全原子に水素を自動的に付加します。
 /[1原子] 選択原子に水素を自動的に付加します。
 /[1原子(H1)] 選択原子に水素を1個付加します。
 /[1原子(H2)] 選択原子に水素を2個付加します。
 /[1原子(H3)] 選択原子に水素を3個付加します。
[水素削除] 水素を削除します。
[部品置換] F6 選択した原子を部品コンボボックスの現在の部品で置換します。。"-CHCH-"と"-CH-"は多環構造を作る為の部品で、前選択原子側に炭素原子が近づく構造になります。
[Rep]ボタンと同じです。原子を右クリックすることでも置換されます
[部分回転] 前選択原子と選択原子を通る軸の周りで、選択原子側の原子グループを回転します。2つの選択原子の前に、さらに2つの原子を選択しておくと、回転軸周りの二面角が表示されます。
[結合角変更] 前選択原子を中心に結合角を変更します。選択原子側の原子グループが画面上の平面で回転するので、分子を回転してから行うと、いろいろな変形ができます。
[部分移動] 選択側の原子グループを移動します。
[部分削除] 選択側の原子グループを削除します。
[部分自由回転] 選択側の原子グループを自由回転します。
[部分固定・自由 選択原子グループの最適化指標を変更します
[部分クリーン 選択側の原子グループだけを対象に簡易分子力場法で構造最適化を行います
[変更]  
 /[距離] 数値を直接入力して、指定した原子間の距離を変更します。
 /[角度] 数値を直接入力して、指定した原子間の角度を変更します。
 /[二面角] 数値を直接入力して、指定した原子間の二面角を変更します。
[結合付加] F7 前選択原子と選択原子の間に結合を追加します。
[結合削除] F8 前選択原子と選択原子の間の結合を削除します。
[環構築]  F9 選択した末端二原子間で環を作ります。多環用部品の"-CHCH-"や"-CH-"を自動的に付加します。
[番号交換] 選択原子と前選択原子の番号を交換します。
[原子の並び替え] 水素原子が後ろに来るように、原子を並び替えます。
[部品登録] 編集中の分子を部品として登録します。結合させる末端原子を選択しておく必要があります。
[部品削除] 現在の部品の登録を削除します。
[移動] 分子を上下左右に移動します。クリックするかEscキーを押すと、移動モードから抜けます。
[原点復帰] 原点を画面の中心に戻します。
[重心原点] 指定すると、常に重心を原点に調整します。
[初期配向]
 /[配向] 初期配向に戻します。
 /[再設定] 現在の配向を初期配向に設定します。
 /[再設定(3点)] 事前にクリックして指定した3点で決まる平面を、初期配向に設定します。[重心原点]のチェックがない時は、1点目が原点になります。
 /[原点設定] 選択した原子を原点に設定します。[重心原点]にチェックがある時は動作しません。
[Z-Matrix]
 /[原子追加(E)] 元素ウィンドウの原子を追加します。原子を置きたい所をクリックした後、結合関係を示す3原子をクリックします。
 /[ダミー原子追加] ダミー原子を追加します。
 /[2面角変更] Z-Matrixの二面角を変更します。
 /[結合関係変更] Z-Matrixの結合関係を変更します。
 /[原子移動(Z-Mat)] 1原子を移動することで、Z-Matrixの結合関係にある原子も移動します。
 /[Z-Matrix再生成] Z-Matrixを再生成します。結合関係も再生成されます。
[その他]
 /[クリーン] 簡易分子力場法で構造最適化を行います。
 /[結合再生成] 全原子の結合を再生成してから再描画します。
 /[結合関係保持] チェックされている場合は、分子編集時に結合関係が変わらないようにします。
 /[XYZ座標保持] チェックされている場合は、結合関係を変えてもXYZ座標位置が変わらないように結合長・結合角等が自動的に修正されます。
 /[座標反転] 座標を反転し、鏡像体に変換します。
 /[鏡像体生成] 鏡像体を生成します。
 /[部分重心] 部分重心を求めた位置にダミー原子を置きます。

[表示]

FacioやPovrayなどのプログラムは、それぞれのホームページからダウンロードしてインストールする必要があります。

[最大化] ウィンドウを最大化します。もう一度選択すると元に戻ります。
[全表示] 分子表示画面のみをウィンドウ全体に広げます。もう一度選択すると元に戻ります。
[標準色] 配色を、Winmostar、GaussView、JMol、Rasmol、旧Winmostarモードから選択します。
[色変更]  
 /[原子]  選択している原子種の色を変更します。
 /[背景]  背景の色を変更します。
 /[結合]  結合の色を変更します。
 /[文字]  分子表示画面の文字の色を変更します。
[双極子モーメント]  
 /[表示]  MOPACの計算結果から双極子モーメントを表示します。
 /[スケール]  矢印の長さのスケールを設定します。
[表示選択] 表示のオン・オフを設定します。
 /[メッシュ]  グリッドを表示します。
 /[スライダー]  ズーム・スライダーを表示します。
 /[番号(電荷)]  番号と元素名を表示します。
 /[全原子]  ダミー原子等も表示します。
 /[分子情報]  分子に関する情報をウィンドウ内に表示します。
 /[選択原子マーカー]  選択原子を赤丸のマークで表示します。
 /[座標軸]  座標軸を表示します。
 /[多重結合]  多重結合を表示します。
 /[バックボーン]   バックボーンを表示します。
[棒球表示] 棒球モデルの表示形式を選択します。
 /[Slim]  小さな球と細い棒で棒球モデルを表示します。
 /[Default]  標準の棒球モデルで表示します。
[拡大・縮小] 拡大または縮小表示します。
[空間充填モデル] 空間充填モデルを表示します。
[遠近法] 遠近法を使って表示します。
[3D] 別ウィンドウで3D表示します。
[Jmol スタート(J)] Jmolを起動します。
[Download Jmol] Jmolのダウンロードページを表示します。
[VRML] VRMLで表示します。(VRMLビューワがインストールされている必要があります)
[SIM VRMLview] SIM社のVRMLビューワのダウンロードページを表示します。
[Cosmo Player] Cosmo Playerのダウンロードページを表示します。
[Facio] Facioを起動します。
[Facio Homepage] Facioのダウンロードページを表示します。
[Mercury] Mercuryを起動します。読込み中のファイルの拡張子がCIFの時はCIFファイルを読込みます。
[CCDC(Mercury)HP] ケンブリッジ結晶データセンターのMercuryのダウンロードページを表示します。
[ChemscapeChime] MDL Chimeがインストールされている場合、新しいウィンドウでMDL Chimeを起動します。
[Chimeマニュアルページ] MDL Chimeのマニュアルページを表示します。
[Chimeダウンロードページ] MDL Chimeのダウンロードページを表示します。
[光線追跡法(Povray)] PovRayがインストールされている場合、レイトレーシング法で表示します。
[Povrayのパラメータ] PovRayのパラメータ(ウィンドウサイズ)を指定します。
[Povrayのホームページ] PovRayのダウンロードページを表示します。
[画像固定] ウィンドウ右上の画像が切り変わらないようにします。
[クリップボードに貼り付け] Winmostarの分子表示ウィンドウをクリップボードに貼り付けます。

[計算]

Winmostarに添付して配布されている分子軌道法計算プログラムはMOPAC6、MOPAC7とCNDO/Sです。他のプログラムは、それぞれのホームページからダウンロードしたり登録したりすることが必要になります。

MOPAC 2012 : OpenMopacのページ

GAMESS : WinGAMESSPC GAMESSに対応しています。

MOLEKEL: スイスの国立高速計算センターで開発された可視化ソフトウェア

MOSF V1: 現在入手不可 MOSF V4.2 : WinMOPAC 3に付属 

[MOPACキーワード]
 /[Setup] MOPACのキーワードを設定するウィンドウを表示します。
 /[Import] 保存済みのMOPAC形式データから、キーワード部分をインポートします。
 /[Run with JM] Winmostarでは利用できません。
[(1)MOPAC6W70 start] 現在の分子構造・キーワードでMOPAC6入力ファイルを生成し計算を実行します。計算後は自動的に「パスの設定」−「エディター」で指定したエディタで出力ファイルが開かれます。
[(2)MOPAC7W70 start] MOPAC7入力ファイルを生成し計算を実行します。または、[パスの設定] − [(2)MOPACのパス]で指定したプログラムを起動します。
[(3)MOPACxxxx start] [パスの設定] − [(3)MOPACのパス]で指定したプログラムを起動します。
[エディット out] MOPACの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。
[エディット arc] MOPACの出力要約ファイル(.arc)を指定エディタで開きます。
[分子軌道表示] 計算でグラフィック用出力を指定したとき(キーワードgraphf)、その出力を読み込んで分子軌道を表示します。3D表示も可能です。
[Import]
 /[Charge, Dipole (arc)]  arcファイルをを読み込んで、電荷や双極子モーメントを表示します。
 /[Animation (arc)]  arcファイルをを読み込んで、構造表示やアニメーション連表示を行います。
 /[IRC, STEP (out)]  IRC計算の構造出力を読み込んで、連続表示を行います。
 /[Force (out)]  振動解析結果を読み込んで、赤外線吸収スペクトルと振動の表示を行います。
[FMO]  
 /[PDB Edit]  PDB Editorを起動します。
 /[FMOutil]  FMO Utilityを起動します。
[GAMESSキーワード] キーワード欄をGAMESS用パラメータに差し替えます。
 /[Setup]  GAMESSのキーワードを設定するウィンドウを表示します。
 /[Import]  保存済みのGAMESS形式データから、キーワード部分をインポートします。
 /[NCPUS]  計算に使用するCPU(コア)の数を指定します。
 /[NODES(PC-Gamess)]  並列計算に使用するフォルダの名前を指定します。 例  d:\node1 d:\node2 d:\node3 d:\node4
[Start GAMESS] 現在の分子構造・キーワードでGAMESS入力ファイルを生成し計算を実行します。
外部基底関数ファイルを使用するには($BASIS EXTFIL=.T.)、basis.libをGAMESSのEXEファイルと同じディレクトリに置きます。WinGAMESSの場合は、runscript.cshの中で、setenv EXTBAS ../basis.libと指定します。
[Start GAMESS(2)] [パスの設定] − [(2)GAMESSのパス]で指定したプログラムを起動します。
[Edit out(log)] GAMESSの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。
[Import]
 /[Animation]  GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。
 /[MO, UV, Charge, Dipole, NMR ]  GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、構造、分子軌道、NMRスペクトルなどを表示します。3D表示も可能です。 基底関数に関する制限はなくなりました。(V.3.802以降)
 /[Hessian, Raman] 振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトル表示と振動の表示を行います。
[GAMESSのホームページ]
[Gaussianキーワード]
 /[Setup]  Gaussianのパラメータを設定するウィンドウを表示します。
 /[Import]  保存済みのGaussian形式データから、パラメータ部分をインポートします。
[G09 Start] 現在の分子構造・キーワードでGaussian入力ファイルを生成し計算を実行します。
[Edit log(out)] Gaussianの出力ファイルを指定エディタで開きます。
[Import]
 /[Animation]  Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。
 /[Anim_Opt (IRC, modred)]  Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化構造を表示します。
 /[MO, UV, Charge, Dipole, NMR]  Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、構造、分子軌道、NMRスペクトルなどを表示します。3D表示も可能です。 基底関数に関する制限はなくなりました。キーワードに"gfprint"と"pop=full"が必要です。 (V.3.802以降)
 /[Freq]  振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトルの表示と振動の表示を行います。
[FormChk] G03WユーティリティのFormchkを起動し、.chkファイルから書式付の.fchファイルを作成し、表示します。
[Import Fchk(CubeGen)] G03WユーティリティのCubegenを起動し、.fchファイルを読込んでCubeファイルを作成します。
[Import Cube] Cube形式ファイルを読込んで表示します。3D表示も可能です。GAMESSのpunファイルの場合は、Cubeファイルに変換します。
[UNUX Server] rsh ,ftpによるLinux(UNIX)マシンのリモートジョブ制御を行います。Gaussianの実行・制御が可能で、LSFにも対応しています。(Winmostarでは利用できません。)
[CNDO/S キーワード]  
 /[Setup] CNDO/S用パラメータを設定します。
 /[Import] CNDO/S形式ファイルを読み込んで、キーワード部分をインポートします。
[CNDO/Sスタート] CNDO/S計算を実行します。
  日本コンピュータ化学会に登録されている旧JCPEの P083(CNDO/S:紫外・可視吸収スペクトル計算) マニュアル)です。 二つのプログラムを一つにして、Winmostarから起動できるように修正を行い、Cygwinのg77でコンパイルしてcndosw.exeを作成しました。 ソースプログラム(cndosw.f)もWinmostarのインストールディレクトリに同梱されています。
[UV-VISスペクトル表示] CNDO/S計算結果から紫外・可視スペクトルと分子軌道を表示します。
[Edit CNDO/S OutFile] CNDO/S出力ファイルをエディタで開きます。
[MOSF]
 /[MOSFパラメータをセット]  キーワード欄をMOSF用パラメータに差し替えます。
 /[MOSFスタート]  MOSF計算を実行します。
 /[UV-VISスペクトル]  MOSF出力から紫外・可視スペクトルを表示します。
 /[エディット MOSF ファイル] MOSF 出力ファイルを指定エディタで開きます。

[計算2]

[PIO]  
 / with Gaussian  GaussianによるPIO (paired interacting orbitals) analysis計算 の設定と実行を行います。
 / with GAMESS  GAMESSによるPIO (paired interacting orbitals) analysis計算 の設定と実行を行います。

[その他]

[分子表面積・体積] 分子の体積や表面積を計算します。この計算は函館高専の長尾 輝夫氏のプログラムを使用しています。
 参考文献)長尾 輝夫「分子表面積及び体積計算プログラムの改良」,函館工業高等専門学校紀要
(Hakodate Kogyo Koto Senmon Gakko Kiyo),第27号, p111-120,1993
(1)VAN DER WAALS MOLECULAR SURFACE(VMS): 原子をVan del Walls半径の球に置き換えた表面
(2)ACCESSIBLE MOLECULAR SURFACE: VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった溶媒分子の中心の面
(3)MOLECULAR SURFACE: VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった接触表面と凹角表面
 SOLVENT-EXCLUDED SURFACE、または、Connolly SURFACEとも呼ばれます。
・OVALITYの計算は千田が追加しました。
 OVALITY: 分子表面積/最小表面積。本来は(3)のMOLECULAR SURFACEを使うようです。
 最小表面積とは、分子体積が等しい真球の表面積:4π(3V/4π)**(2/3)
[アスペクト比] アスペクト比を計算します。アスペクト比は、分子が内接する最小直径の円筒の長さ(L)と 直径(D)の比(L/D)で定義されます。
[検索] 参照ファイル内をキーワード検索し、該当した行をExcelまたはテキストファイルに出力します。
[ Job Manager] Winmostarでは利用できません。
[連続実行] GaussianとGAMESSの複数ジョブの計算を連続的に実行するためのbatファイルを作成・実行するものです。
まず、普通にGaussianやGAMESSを実行することで1分子実行batができます。実行時にエラーが出ないことを確認してから、DOS窓の[×]で終了します。
[その他]/[連続実行]を選択すると、ウィンドウの左側の欄には既に実行したことのある1分子実行batファイルが表示されます。 ファイル名は入力ファイル名.batになっています。batファイルを選択して[=>]を押すと、ウィンドウの右側の欄に追加されます。 [Run]で、設定されたジョブの連続実行が始まります。[Run at]で、指定した時刻に連続実行が始まります。連続実行ジョブは、 winmos_batjob1〜5.batに保存されます。[Load]・[Save]ボタンで読込・保存もできます。
[パスの設定] それぞれのプログラムの実行ファイルのパスを指定します。
 /[(1)MOPAC]  
 /[(2)MOPAC]  
 /[(3)MOPAC]  
 /[(1)GAMESS]  
 /[(2)GAMESS]  
 /[Gaussian]  
 /[MOSF]  
 /[Jmol]  
 /[Facio]  
 /[Mercury]  
 /[Povray]  
 /[エディタ−]  

[ヘルプ]

[マニュアル] マニュアルを表示します。
[Webマニュアル] Web上のマニュアルを表示します。
[周期表] 周期表を表示します。
[ホームページ] Winmostarのホームページを開きます。
[ご意見、ご感想] [Winmostar/MOPAC掲示板]に接続します。一言どうぞ。
[バージョン情報] バージョン情報を表示します。


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