Winmostar

for Windows 2000 / XP / Vista / 7
CrossOver Mac6.1日本語版

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目  次

1、はじめに
2、インストール/アンインストール
3、使用方法
4、FAQ
5、著作権・転載等について
6、履歴

1、はじめに

Winmostarは、分子のモデリングから分子軌道計算、計算結果の表示までをWindows上で実現するソフトウェアです。
最大原子数:分子のモデリングについては、たぶん99,999原子(100,000原子まで確認済)。


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2、インストール/アンインストール

2−1 インストール
 ダウンロードした exeファイルを実行すると解凍されます。c:\winmos3がデフォルトのフォルダになります。
  [スタート]メニューとデスクトップに Winmostar アイコンが自動的に追加されます。

 V2.0以降はDelphi版になり、レジストリへの書込みは行わなくなりました。VB版のようなランタイムは不要ですので、 インストールされたフォルダを他のPCにコピーしても実行できるようになります。実行ファイルはWINMOSTAR.EXEです。
 HDDにインストールしなくても、MOやUSBメモリーから実行することも可能です。

 大学等での講習会のための再配布は禁止しませんが、利用者数が把握できないのが悩みです。講習会を実施する場合は、 出来ればメールで連絡していただくと助かります。フリーソフトとして配布を続けるには、ユーザーの声が一番励みになります。

2−2 バージョンアップ
 インストールと同じ方法でバージョンアップできます。Winmostarを起動した状態では、エラーになりますので、ご注意ください。

2−3 アンインストール
 インストールされているフォルダとショートカットの削除だけでアンインストールできます。


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3、使用方法

3−1 概要
WinmostarはZ-Matrix(内部座標)をベースにしていますが、Z-Matrixの知識がなくても分子のモデリングが出来るように設計されています。 画面上で原子や原子グループを移動・回転した結果は自動的にZ-Matrixに変換されます。変換の際には、元の結合関係が変わらないように 配慮されています。Z-Matrixの知識があればZ-matrixを直接操作することも可能です。

他の方法で作成したMOPAC形式のZ-Matrix座標だけでなく、PDB形式等のXYZ座標(カーテシアン座標)を読み込むこともできます。 XYZ座標を読み込んだ場合は自動的にZ-Matrixに変換されます。作成した分子の座標をいろいろな形式で保存することもできます。

分子軌道表示は、MOPACの場合は、GRAPHFキーワードを用いて作成したMGFファイルまたはGRAPHキーワードを用いて作成したGPTファイルを使用します。GaussianやGAMESSの場合は、OUTファイルまたはLOGファイルを使用します。
MDL Chimeの起動もサポートしています。

3−2 起動方法
3.2.1 Winmostarの起動

デスクトップのショートカットをダブルクリックするか、または[スタート]→「(すべての)プログラム」→「Winmostar」を選択して起動します。

3.2.2 コマンドプロンプトから実行プログラムを指定して起動する
コマンドプロンプトから起動オプションをつけて起動することもできます。

起動オプションに入力ファイル名と実行プログラムを指定できます。 実行プログラムには、以下があります。

-mopac1,-mopac2,-mopac3: MOPACの実行
-molsv1,-molsv2,-molsv3: 分子表面積・体積
-aspect: アスペクト比

例) "C:\winmos3\winmostar.exe" "C:\winmos3\dbt.dat" -mopac1

実行プログラムを指定した時は、実行後にWinmostarを終了するので、DOSのBATファイルに書いて、MOPAC等を連続的に実行することができます。 WMJOBS.BATに使用例があります。
GaussianとGAMESSの連続実行は、この方法ではなく[その他]/[連続実行]で行います。

3.2.3 コマンドプロンプトから起動してファイル変換を実行
コマンドプロンプトから起動オプションをつけて起動し、ファイル形式の変換のみを行うこともできます。

起動オプションに入力ファイル名と変換後の形式を指定します。

-opdb: PDB形式に変換

例) "C:\winmos3\winmostar.exe" D:\test\ethylene.arc -opdb

3−3 設定ファイル
 atoms1.wmxが最大原子数や原子の色の設定ファイルです。最大原子数のデフォルトは2万原子になっています。 これ以上の原子数を取り扱う場合は、atoms1.wmxの一行目を修正します。大きくし過ぎるとプログラムが立ち上がらなくなることがありますので、 ご注意ください。
V3.09以降は最大原子数を自動的に拡張するようになりましたが、安定性等の点で、設定ファイルで設定する方をお勧めします。


3−4 マウスの使い方の説明 → 別ページへ

3−5 ウィンドウ構成の説明 → 別ページへ

3−7 キーボードショートカットの説明 → 別ページへ

3−8 MOPACの使用例 − スチレンのモデリングとMOPAC計算 → 別ページへ


3−9 GAMESSの使用方法

 GAMESSはフリーのab initio分子軌道法パッケージです。様々なプラットフォームに移植されています。
 Windows版は、WinGAMESSとPC-GAMESSがあります。
 WinGAMESSは、GAMESSの公式HPからダウンロードします。
  GAMESS (Contains all standard GAMESS options) ver. Xxx XX, 200X running on Microsoft Windowsです。
 WinGAMESSはダウンロードして解凍するとすぐに使用できますが、PC-GAMESSは、さらにDr. Alex A. Granovskyにメールを送って解凍パスワードを聞く必要があります。
 WinGAMESSはCygwinでコンパイルしたものなので、Linux版と全く同じ仕様ですが、PC-GAMESSはLinux版と仕様が異なる部分があります。
 WinGAMESSには起動用のGUIが付属していますが、gamess.xx.exeにパスを通すと(計算/パスの設定/GAMESS)Winmostarからも起動できます。
 [計算]メニューから[GAMESSスタート]で実行できます。MOPACに比べると多大な計算時間がかかるのでご注意願います。計算を途中でキャンセルするには、 [Ctrl]+[C]を押します。
 MOPACのように構造最適化結果の構造が自動的に読み込まれるようにはしてありません。最適化した構造は[logの読込]で表示します。

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4、FAQ

 FAQ(良くある質問と回答)集です

Q:結合長や角度、2面角を調べる方法はありますか?
A:分子表示画面の左上に、常に表示されています。

Q:右上の画像が気になるので、止めたり変更したりできませんか?
A:[表示] - [画像固定で一時的に変わらないようにできます。
 Winmostarがインストールされているディレクトリ(デフォルトはC:\winmos3)にあるwinmos1.jpg〜winmos7.jpgを 変更・削除してお好みにすることもできます。全部削除しても問題ありません。
 ・V3.0以降はデフォルトで固定画面になりました。


Q:多環構造を簡単に作れませんか?
A:部品の-CHCH-や-CH-を使います。前選択原子側に環を巻く方向に追加されます。 環構築を使うと、さらに簡単にできます。

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6、履歴

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