コンソール・ウィンドウで利用できるスクリプトに関しては、下記を参照してください http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/?ver=11.0
日本語による主なスクリプトに関する説明については、下記を参照してください http://katakago.sakura.ne.jp/soft/jmol/jmol-script.html
Jmolに関する詳しい情報については下記を参照してください http://jmol.sourceforge.net
ファイルのロード | マウスの機能 | 表示の変更 | 距離と角度の表示 | 分子軌道の表示 振動アニメーションの表示 | JSmolメニュー | その他の情報の所在