Jmol スクリプトについて

[Jmol math]　　　　　−　さまざまな変数と演算が利用可能です。
[Jmol parameters]　　　　−　パラメータの値をセットして利用することができます。Set も参照してください。
[atom expressions]　　　　−　キーワードや論理演算子を組み合わせて、条件に当てはまる原子の集合を指定することができます。
[atom properties]　　　−　分子データに含まれる原子の性質を選択したり情報を収集することができます。

[export]　−　Jmolアプリケーションで、シーンをMaya, POV-Ray及びVRMLの形式のファイルとして書き出すことができます。詳細は write を参照してください。
[fractional coordinates]　　−　座標を単位格子に対する比で表すことができます。
[functions]
[plane expressions]　　−　面を定義します。
[reading ZIP/JAR files]　　−　ZIPやJAR形式で圧縮されたファイルの中の指定したファイルを読み込みます。
[status reporting]　　−　Appletの状態を報告します。
[using the clipboard]

boundbox
calculate　　−　
cd　　−　デフォルトディレクトリを変更します。またはデフォルトディレクトリを表示します。

centerAt
color
color (atom object)
color (bond object)
color (element)
color (model object)
color (named object)
color (scheme)
color measures
color selectionHalos
configuration
connect
console　　　　−　Jmol Script Console ウィンドウを表示します。
data　　　　　　−　原子のプロパティを設定します。
define　　　　　　−　選択された原子に対してグループ名を定義します。
delay　　　　　　−　画面を書き換え、指定した時間だけ実行を停止します。
depth　　　　　　−　断面表示での表示開始位置を指定します。slabの項を参照してください。
dipole　　　　　　−　双極子を示す矢印を描きます。
display　　　　　　−　指定した原子またはグループのみを表示します。
dots
draw
echo
ellipsoid
exit
font
for
frame
frank
geoSurface
getProperty
goto
halos
hbonds
help
hide
history
hover
if_while_for
initialize
invertSelected

javascript
label
lcaoCartoon

load APPEND　　　　−　現在のモデルを置き換えることなく、モデルを追加します。
load FILES　　　　−　複数のファイルを読み込みます。
load MENU　　　　−　独自のメニューを読み込みます。
load MODELS　　　　−　複数のモデルの情報を含むファイルを読み込みます。
load TRAJECTORY　　　−　ファイルを trajectory として読み込みます。
load [property]　　　　−　指定した性質の情報のみを読み込んで、選択されている原子に適用します。
loop　　　　　　　　　　　−　スクリプトを繰り返し実行します。
measure
meshribbon
message
minimize

分子軌道の表示例

エチレンのLUMO

スクリプト　mo lumo; mo fill nomesh; mo translucent; mo color yellow cyan