[計算]メニューの説明

[計算]

[MOPACキーワード]▶
  [Setup] MOPACのキーワードを設定するウィンドウを表示します。
  [Import] 保存済みのMOPAC形式データから、キーワード部分をインポートします。
  [Run with JM] Winmostarでは利用できません。
[(1)MOPAC6W70 start] 現在の分子構造・キーワードでMOPAC6入力ファイルを生成し計算を実行します。計算後は自動的に「パスの設定」−「エディター」で指定したエディタで出力ファイルが開かれます。
[(2)MOPAC7W70 start] MOPAC7入力ファイルを生成し計算を実行します。または、[パスの設定] − [(2)MOPACのパス]で指定したプログラムを起動します。
[(3)MOPACxxxx start] [パスの設定] − [(3)MOPACのパス]で指定したプログラムを起動します。
[エディット out] MOPACの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。
[エディット arc] MOPACの出力要約ファイル(.arc)を指定エディタで開きます。
[分子軌道表示] 計算でグラフィック用出力を指定したとき(キーワードgraphf)、その出力を読み込んで分子軌道を表示します。3D表示も可能です。
[Import]▶
  [Charge, Dipole (arc)]  arcファイルをを読み込んで、電荷や双極子モーメントを表示します。
  [Animation (arc)]  arcファイルをを読み込んで、構造表示やアニメーション連表示を行います。
  [IRC, STEP (out)]  IRC計算の構造出力を読み込んで、連続表示を行います。
  [Force (out)]  振動解析結果を読み込んで、赤外線吸収スペクトルと振動の表示を行います。
[FMO]  
  PDB Edit]  PDB Editorを起動します。
  FMOutil]  FMO Utilityを起動します。
[GAMESSキーワード]▶ キーワード欄をGAMESS用パラメータに差し替えます。
  [Setup]  GAMESSのキーワードを設定するウィンドウを表示します。
  [Import]  保存済みのGAMESS形式データから、キーワード部分をインポートします。
  [NCPUS]  計算に使用するCPU(コア)の数を指定します。
  [NODES(PC-Gamess)]  並列計算に使用するフォルダの名前を指定します。 例  d:\node1 d:\node2 d:\node3 d:\node4
[Start GAMESS] 現在の分子構造・キーワードでGAMESS入力ファイルを生成し計算を実行します。
外部基底関数ファイルを使用するには($BASIS EXTFIL=.T.)、basis.libをGAMESSのEXEファイルと同じディレクトリに置きます。WinGAMESSの場合は、runscript.cshの中で、setenv EXTBAS ../basis.libと指定します。
[Start GAMESS(2)] [パスの設定] − [(2)GAMESSのパス]で指定したプログラムを起動します。
[Edit out(log)] GAMESSの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。
[Import]▶
  [Animation]  GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。
  [MO, UV, Charge, Dipole, NMR ]  GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、構造、分子軌道、NMRスペクトルなどを表示します。3D表示も可能です。 基底関数に関する制限はなくなりました。(V.3.802以降)
  [Hessian, Raman] 振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトル表示と振動の表示を行います。
[GAMESSのホームページ]
[Gaussianキーワード]▶
  [Setup]  Gaussianのパラメータを設定するウィンドウを表示します。
  [Import]  保存済みのGaussian形式データから、パラメータ部分をインポートします。
[G09 Start] 現在の分子構造・キーワードでGaussian入力ファイルを生成し計算を実行します。
[Edit log(out)] Gaussianの出力ファイルを指定エディタで開きます。
[Import]▶
  [Animation]  Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。
  [Anim_Opt (IRC, modred)]  Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化構造を表示します。
  [MO, UV, Charge, Dipole, NMR]  Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、構造、分子軌道、NMRスペクトルなどを表示します。3D表示も可能です。 基底関数に関する制限はなくなりました。キーワードに"gfprint"と"pop=full"が必要です。 (V.3.802以降)
  [Freq]  振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトルの表示と振動の表示を行います。
[FormChk] G03WユーティリティのFormchkを起動し、.chkファイルから書式付の.fchファイルを作成し、表示します。
[Import Fchk(CubeGen)] G03WユーティリティのCubegenを起動し、.fchファイルを読込んでCubeファイルを作成します。
[Import Cube] Cube形式ファイルを読込んで表示します。3D表示も可能です。GAMESSのpunファイルの場合は、Cubeファイルに変換します。
[UNUX Server] rsh ,ftpによるLinux(UNIX)マシンのリモートジョブ制御を行います。Gaussianの実行・制御が可能で、LSFにも対応しています。(Winmostarでは利用できません。)
[CNDO/S キーワード]▶  
  [Setup] CNDO/S用パラメータを設定します。
  [Import] CNDO/S形式ファイルを読み込んで、キーワード部分をインポートします。
[CNDO/Sスタート] CNDO/S計算を実行します。
    日本コンピュータ化学会に登録されている旧JCPEの P083(CNDO/S:紫外・可視吸収スペクトル計算)マニュアル)です。 二つのプログラムを一つにして、Winmostarから起動できるように修正を行い、Cygwinのg77でコンパイルしてcndosw.exeを作成しました。 ソースプログラム(cndosw.f)もWinmostarのインストールディレクトリに同梱されています。
[UV-VISスペクトル表示] CNDO/S計算結果から紫外・可視スペクトルと分子軌道を表示します。
[Edit CNDO/S OutFile] CNDO/S出力ファイルをエディタで開きます。
[MOSF]▶
  [MOSFパラメータをセット]  キーワード欄をMOSF用パラメータに差し替えます。
  [MOSFスタート]  MOSF計算を実行します。
  [UV-VISスペクトル]  MOSF出力から紫外・可視スペクトルを表示します。
  [エディット MOSF ファイル] MOSF 出力ファイルを指定エディタで開きます。

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